PDB-3et4: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E(P4) Acid Phosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3et4

タイトル

Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E(P4) Acid Phosphatase

要素

Outer membrane protein P4, NADP phosphatase

キーワード

HYDROLASE / haloacid dehalogenase (had) fold / dddd motif / class c nonspecific acid phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E (P4) Acid Phosphatase Reveals a New Member of the Haloacid Dehalogenase Superfamily.
著者: Felts, R.L. / Ou, Z. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2008年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2008年10月14日	ID: 2HLK
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3et4.cif.gz	65.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3et4.ent.gz	47.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3et4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3et4_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3et4_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	3et4_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	3et4_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/3et4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/3et4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3et5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3et5-1 3ocz-1 3ocw-1 3sf0-1 3ocx-1 3ocy-1 3ocv-1 4c0b-1 1ufa-d 3ocu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
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#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein P4, NADP phosphatase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer membrane protein P4, NADP phosphatase

ヘテロ分子

A: Outer membrane protein P4, NADP phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.642, 65.642, 101.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-323- HOH
2	1	A-329- HOH

#1: タンパク質	Outer membrane protein P4, NADP phosphatase / recombinant e(P4) acid phosphatase 分子量: 28608.002 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-274 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: 86-028NP / 遺伝子: hel, NTHI0816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QMM5, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.53 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE 0.1M TRIS- HCL 30% PEG 4000, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 8.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0359
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0359 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→55.132 Å / Num. obs: 25076 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.7→55.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.421 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1275	5.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.187	25029	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→55.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1905	0	8	181	2094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.925	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.752	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.05	25.238	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.712	15	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.883	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.57	1.5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.835	2	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.358	3	871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.93	4.5	761
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	100	-
R_work	0.262	1645	-
obs	-	-	96.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.366 Å / Origin y: 4.58 Å / Origin z: 20.654 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1381 Å²	0.0104 Å²	-0.0048 Å²	-	-0.1346 Å²	0.0145 Å²	-	-	-0.1115 Å²
L	2.2382 °²	-0.1812 °²	-0.2925 °²	-	2.1273 °²	0.0161 °²	-	-	0.689 °²
S	0.0424 Å °	0.259 Å °	0.1578 Å °	-0.0395 Å °	-0.0503 Å °	0.2705 Å °	-0.0363 Å °	-0.155 Å °	0.0079 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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