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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3et4 | |||||||||
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タイトル | Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E(P4) Acid Phosphatase | |||||||||
![]() | Outer membrane protein P4, NADP phosphatase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / haloacid dehalogenase (had) fold / dddd motif / class c nonspecific acid phosphatase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tanner, J.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E (P4) Acid Phosphatase Reveals a New Member of the Haloacid Dehalogenase Superfamily. 著者: Felts, R.L. / Ou, Z. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28608.002 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-274 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 86-028NP / 遺伝子: hel, NTHI0816 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.53 % |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE 0.1M TRIS- HCL 30% PEG 4000, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0359 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→55.132 Å / Num. obs: 25076 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→55.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.366 Å / Origin y: 4.58 Å / Origin z: 20.654 Å
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