[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3ocu: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae e(P4) Acid Phosph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ocu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae e(P4) Acid Phosphatase mutant D66N complexed with NMN | ||||||
Components | Lipoprotein E | ||||||
Keywords | HYDROLASE / outer membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Singh, H. / Schuermann, J. / Reilly, T. / Calcutt, M. / Tanner, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Recognition of nucleoside monophosphate substrates by Haemophilus influenzae class C acid phosphatase. Authors: Singh, H. / Schuermann, J.P. / Reilly, T.J. / Calcutt, M.J. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ocu.cif.gz | 123.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3ocu.ent.gz | 94.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ocu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ocu_validation.pdf.gz | 725.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3ocu_full_validation.pdf.gz | 726.6 KB | Display | |
Data in XML | 3ocu_validation.xml.gz | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3ocu_validation.cif.gz | 20.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3ocu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ocvC 3ocwC 3ocxC 3ocyC 3et4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 29619.998 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D66N Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: periplasmic / Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: hel, HI_0693, ompP4 / Plasmid: pET20b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21DE3 / References: UniProt: P26093, acid phosphatase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Chemical | ChemComp-NMN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | G30E SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P26093 |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.37 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 23-28% (w/v) PEG 3350, 0.05-0.2 M ammonium citrate dibasic, 0.05-0.15 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→50 Å / Num. obs: 66003 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.729 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3et4 Resolution: 1.35→31.999 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.928 / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.023 Å2 / ksol: 0.426 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 46.18 Å2 / Biso mean: 15.4052 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→31.999 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
|