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- PDB-3esj: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-clycodiphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3esj
タイトルCrystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-clycodiphosphate synthase complexed with ligand
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / MECDP-synthase / Isoprene biosynthesis / Magnesium / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinone biosynthetic process / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / manganese ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CC7 / GERANYL DIPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hunter, W.N. / Ramsden, N.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: A structure-based approach to ligand discovery for 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate synthase: a target for antimicrobial therapy
著者: Ramsden, N.L. / Buetow, L. / Dawson, A. / Kemp, L.A. / Ulaganathan, V. / Brenk, R. / Klebe, G. / Hunter, W.N.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2855
ポリマ－17,5761
非ポリマー7094
水1,74797
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,85615
ポリマ－52,7293
非ポリマー2,12712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8770 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.498, 144.498, 144.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-903-

MG

21A-904-

GPP

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase


分子量: 17576.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P62617, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 101分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CC7 / 4-amino-1-[(2S,4aR,6R,7R,7aS)-2,7-dihydroxy-2-oxidotetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-6-yl]pyrimidin-2(1H)-one / cCMP


分子量: 305.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N3O7P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ピロりん酸ネリル


分子量: 314.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.152275 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.802673 % / Mosaicity: 0.6 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium formate, HEPES, 5% butanediol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.495 Å / Num. obs: 13946 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 8.9 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 5.995
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.8514.70.2742.72971120250.274100
2.85-3.0214.80.2043.52819519070.204100
3.02-3.2314.80.1544.42647217910.154100
3.23-3.4914.70.1215.52445716590.121100
3.49-3.8214.70.1026.52282115530.102100
3.82-4.2714.60.0867.32073714160.086100
4.27-4.9314.50.0768.21780412270.076100
4.93-6.0414.20.0738.21515910710.073100
6.04-8.5413.50.0678.7112118300.067100
8.54-29.511.70.0629.554484670.06297.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.20データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GX1

1gx1


解像度: 2.7→24.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.185 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 6.281 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / SU Rfree: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 690 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 13786 99.93 %-
all-13795 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.13 Å2 / Biso mean: 40.065 Å2 / Biso min: 2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1215 0 41 97 1353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5512.0131730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1395161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79223.850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.38115211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.282158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.280
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0580.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9991.5811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63121265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7643505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9794.5465
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 47 -
Rwork0.263 834 -
all-881 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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