PDB-3esf: Crystal Structure of the enzyme Fe-superoxide dismutase TbSODB2 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3esf

タイトル

Crystal Structure of the enzyme Fe-superoxide dismutase TbSODB2 from Trypanosoma brucei

要素

Iron-containing superoxide dismutase B2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha/beta

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Bachega, J.F.R. / Navarro, M.V.A.S. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Systematic structural studies of iron superoxide dismutases from human parasites and a statistical coupling analysis of metal binding specificity
著者: Bachega, J.F. / Navarro, M.V. / Bleicher, L. / Bortoleto-Bugs, R.K. / Dive, D. / Hoffmann, P. / Viscogliosi, E. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2008年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3esf.cif.gz	179.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3esf.ent.gz	142.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3esf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3esf_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3esf_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	3esf_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	3esf_validation.cif.gz	53.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/3esf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/3esf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gojC 2gpcSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nyb-2 2bpi-d 2goj-d 4l57-1 1isb-d 2cw2-d 2a03-d 1avm-d 4jz2-1 1isc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Iron-containing superoxide dismutase B2

B: Iron-containing superoxide dismutase B2

C: Iron-containing superoxide dismutase B2

D: Iron-containing superoxide dismutase B2

ヘテロ分子

88.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron-containing superoxide dismutase B2

B: Iron-containing superoxide dismutase B2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Iron-containing superoxide dismutase B2

D: Iron-containing superoxide dismutase B2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.302, 76.504, 76.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 197 / Label seq-ID: 1 - 197

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Iron-containing superoxide dismutase B2 分子量: 22148.807 Da / 分子数: 4 / 変異: A159T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: sodb2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q2KN30, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 24-30% PEG4000 and 0.2 M MgCl2, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月1日
放射	モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30.3 Å / Num. all: 52771 / Num. obs: 52751 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08
反射シェル	解像度: 2→2.059 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.298 / % possible all: 89.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GPC

2gpc

解像度: 2.01→30.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 8.961 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21911	2666	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17499	-	-	-
obs	0.17721	50085	99.44 %	-
all	-	50082	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→30.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6272	0	4	706	6982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.907	8870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.312	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.749	24.438	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.873	15	985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.124	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	1.5	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.881	2	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.753	3	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.686	4.5	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	778	tight positional	0.05	0.05
2	B	778	tight positional	0.06	0.05
3	C	778	tight positional	0.07	0.05
4	D	778	tight positional	0.06	0.05
1	A	758	medium positional	0.43	0.5
2	B	758	medium positional	0.38	0.5
3	C	758	medium positional	0.64	0.5
4	D	758	medium positional	0.4	0.5
1	A	778	tight thermal	0.15	0.5
2	B	778	tight thermal	0.16	0.5
3	C	778	tight thermal	0.15	0.5
4	D	778	tight thermal	0.13	0.5
1	A	758	medium thermal	0.72	2
2	B	758	medium thermal	0.83	2
3	C	758	medium thermal	0.75	2
4	D	758	medium thermal	0.67	2

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.059 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	211	-
R_work	0.198	3432	-
obs	-	-	94.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8473	-0.4385	-0.0818	1.6847	0.1531	1.8516	-0.0229	-0.0987	-0.0781	0.3585	-0.0145	0.1508	0.1291	0.03	0.0374	-0.0167	-0.0422	0.0667	-0.0882	-0.0017	-0.108	22.172	-5.7831	32.8563
2	0.9115	-0.0987	-0.3576	1.8944	1.2517	2.2991	0.0132	0.1676	0.0095	-0.1495	-0.1108	0.0872	-0.1446	-0.1361	0.0977	-0.1435	0.0003	-0.0193	-0.0573	-0.005	-0.1382	23.7202	5.8284	4.7689
3	1.3412	-0.0262	0.2011	1.8983	-0.4748	1.4775	0.0056	-0.0628	0.1531	0.2432	0.004	-0.2658	-0.1818	0.0041	-0.0096	-0.1098	0.0053	-0.0506	-0.0905	-0.0119	-0.0489	57.0392	16.0274	24.8105
4	1.1576	-0.1334	-0.068	2.8373	0.6435	1.7255	0.0576	0.0316	-0.1565	-0.1698	0.0317	-0.4067	0.1551	0.0539	-0.0893	-0.1139	-0.0082	-0.0089	-0.0936	-0.0043	0.0111	56.8682	-12.0201	13.0792
5	0.5093	0.0249	-0.0608	0.59	0.1051	0.2749	-0.0173	0.0133	-0.0232	0.0517	-0.0154	-0.0444	0.018	-0.0113	0.0326	0.0131	0.0032	-0.0036	0.0355	-0.0027	-0.0314	38.3214	2.0164	18.6842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 900
6	X-RAY DIFFRACTION	5	C	203 - 904
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	205 - 902
8	X-RAY DIFFRACTION	5	D	208 - 897

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関連情報:EMDBヘッダ

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