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- PDB-3es9: NADPH-Cytochrome P450 Reductase in an Open Conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3es9
タイトルNADPH-Cytochrome P450 Reductase in an Open Conformation
要素NADPH--cytochrome P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Reductase / Open Conformation / Acetylation / Endoplasmic reticulum / FAD / Flavoprotein / FMN / Membrane / NADP / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-cytochrome-c reductase activity / positive regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / nitrate catabolic process / demethylation / organofluorine metabolic process / carnitine metabolic process / nitric oxide dioxygenase [NAD(P)H] activity / cellular response to gonadotropin stimulus / nitric oxide catabolic process ...iron-cytochrome-c reductase activity / positive regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / nitrate catabolic process / demethylation / organofluorine metabolic process / carnitine metabolic process / nitric oxide dioxygenase [NAD(P)H] activity / cellular response to gonadotropin stimulus / nitric oxide catabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / positive regulation of chondrocyte differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / positive regulation of smoothened signaling pathway / cellular response to peptide hormone stimulus / response to dexamethasone / fatty acid oxidation / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / response to nutrient / electron transport chain / enzyme activator activity / NADP binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / response to xenobiotic stimulus / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome P450 reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Flavodoxin domain / Translation factors / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome P450 reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Flavodoxin domain / Translation factors / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH--cytochrome P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hamdane, D. / Xia, C. / Im, S.-C. / Zhang, H. / Kim, J.-J. / Waskell, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of an NADPH-cytochrome P450 oxidoreductase in an open conformation capable of reducing cytochrome P450
著者: Hamdane, D. / Xia, C. / Im, S.C. / Zhang, H. / Kim, J.J. / Waskell, L.
履歴
登録2008年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH--cytochrome P450 reductase
B: NADPH--cytochrome P450 reductase
C: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,0929
ポリマ－210,7923
非ポリマー4,3006
水00
1
A: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2494
ポリマ－70,2641
非ポリマー1,9853
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7933
ポリマ－70,2641
非ポリマー1,5292
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NADPH--cytochrome P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0502
ポリマ－70,2641
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.100, 93.000, 125.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 NADPH--cytochrome P450 reductase / CPR / P450R


分子量: 70264.062 Da / 分子数: 3 / 変異: deletion of T236G237E238E239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CYPOR, Por / プラスミド: pSC WT CPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P00388, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 33940 / % possible obs: 97.4 % / Biso Wilson estimate: 86 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AMO

1amo


解像度: 3.4→29.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 43473.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1549 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 31207 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.05 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 106.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.52 Å20 Å216.22 Å2
2---16.03 Å20 Å2
3----15.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.95 Å0.94 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12476 0 286 0 12762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.252.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 177 4.3 %
Rwork0.375 3916 -
obs--72.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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