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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ern | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-clycodiphosphate synthase complexed with AraCMP | ||||||
![]() | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / MECDP-synthase / Isoprene biosynthesis / Magnesium / Manganese / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / ubiquinone biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / manganese ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hunter, W.N. / Ramsden, N.L. / Kemp, L.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structure-based approach to ligand discovery for 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate synthase: a target for antimicrobial therapy 著者: Ramsden, N.L. / Buetow, L. / Dawson, A. / Kemp, L.A. / Ulaganathan, V. / Brenk, R. / Klebe, G. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 17576.275 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P62617, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 297分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CAR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GPP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CAR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GPP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CAR / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.1M ammonium sulfate, sodium acetate, PEG 2000 MME, pH 4.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9756 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 71490 / Num. obs: 65677 / % possible obs: 91.86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / % possible all: 92.95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GX1 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.806 / SU B: 5.691 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.222 / SU Rfree: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.14 Å2 / Biso mean: 34.02 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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