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- PDB-3eq2: Structure of Hexagonal Crystal form of Pseudomonas aeruginosa RssB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eq2
タイトルStructure of Hexagonal Crystal form of Pseudomonas aeruginosa RssB
要素Probable two-component response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Adaptor SigmaS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / L1 transposable element, trimerization domain / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain ...: / L1 transposable element, trimerization domain / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / 4-Layer Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.401 Å
データ登録者Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of rssb, a clpx adaptor protein that regulates sigma S
著者: Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable two-component response regulator
B: Probable two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9032
ポリマ－87,9032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area39230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.277, 76.277, 305.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Probable two-component response regulator


分子量: 43951.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2798, rssb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I045

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.1 M Na Cacodylate, 0.2M NaCl, 4% PEG 8000, 8.2 mg/ml protein, cryo-protected with 25% glycerol , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日 / 詳細: crystal monochrometer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: k,h,-l / Fraction: 0.509
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 26199 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 7.941
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.4-3.523.50.57825810.4295.3
3.52-3.663.60.39526660.47295.5
3.66-3.833.50.28326180.51895.5
3.83-4.033.50.22626110.56895.5
4.03-4.283.60.16725980.67595.6
4.28-4.613.60.12725950.89595.5
4.61-5.083.60.11726870.99896.1
5.08-5.813.60.13125870.98395.8
5.81-7.323.60.13926321.28696
7.32-503.50.07426242.38195

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
PHENIX精密化
精密化解像度: 3.401→29.046 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1338 5.12 %random
Rwork0.271 ---
obs0.272 26130 95.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.003 Å2 / ksol: 0.253 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 346.02 Å2 / Biso mean: 109.898 Å2 / Biso min: 34.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.292 Å20 Å2-0 Å2
2---33.292 Å20 Å2
3----27.717 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.401→29.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5536 0 0 0 5536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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