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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3epl | ||||||
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タイトル | Crystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase acting on tRNA: Insight into tRNA recognition and reaction mechanism | ||||||
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![]() | Transferase/RNA / Transferase / Alternative initiation / ATP-binding / Cytoplasm / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Nucleus / tRNA processing / Transferase-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / AMP dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / tRNA binding / nucleolus / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, R.H. / Zhou, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase acting on tRNA: insight into tRNA recognition and reaction mechanism. 著者: Zhou, C. / Huang, R.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 257.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 504.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 566.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48199.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 13-421 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MOD5 / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#2: RNA鎖 | 分子量: 22294.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 22224.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 4種, 130分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/DMA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Pentaerythritol propoxylate 426, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 278K,, VAPOR DIFFUSION |
溶液の組成 | 名称: Pentaerythritol propoxylate 426 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 21517 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.6→50 Å / Occupancy max: 1.01 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.823 / σ(F): 1495
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溶媒の処理 | Bsol: 60.132 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 220.56 Å2 / Biso mean: 135.038 Å2 / Biso min: 31.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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Xplor file |
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