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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3epk | |||||||||
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タイトル | Crystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase acting on tRNA: Insight into tRNA recognition and reaction mechanism | |||||||||
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![]() | Transferase/RNA / Transferase / Alternative initiation / ATP-binding / Cytoplasm / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Nucleus / tRNA processing / Transferase-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / AMP dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / tRNA binding / nucleolus / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, R.H. / Zhou, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase acting on tRNA: insight into tRNA recognition and reaction mechanism. 著者: Zhou, C. / Huang, R.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 715.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 759 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: chain A,B, using restrain) NCSドメイン領域: Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 13 - 415 / Label seq-ID: 1 - 403
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要素
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABEF
#1: タンパク質 | 分子量: 48199.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 13-421 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MOD5 / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 22224.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase |
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-非ポリマー , 5種, 254分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DST.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DST.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-DST / | #6: 化合物 | ChemComp-PPV / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Pentaerythritol propoxylate 426, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 278K, VAPOR DIFFUSION |
溶液の組成 | 名称: Pentaerythritol propoxylate 426 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 32701 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→50 Å / Occupancy max: 1.01 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.856 / σ(F): 1480
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溶媒の処理 | Bsol: 29.081 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 195.4 Å2 / Biso mean: 72.171 Å2 / Biso min: 7.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms: 0.074 / タイプ: restrain / Weight: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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