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万見
- PDB-3eph: Crystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eph
タイトルCrystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase acting on tRNA: Insight into tRNA recognition and reaction mechanism
要素
  • tRNA
  • tRNA isopentenyltransferase
キーワードTransferase/RNA / Transferase / Alternative initiation / ATP-binding / Cytoplasm / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Nucleus / tRNA processing / Transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / tRNA binding / nucleolus / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA isopentenyltransferase, eukaryotes / Histone, subunit A - #140 / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Classic Zinc Finger / Histone, subunit A / Double Stranded RNA Binding Domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...tRNA isopentenyltransferase, eukaryotes / Histone, subunit A - #140 / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Classic Zinc Finger / Histone, subunit A / Double Stranded RNA Binding Domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / tRNA dimethylallyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Huang, R.H. / Zhou, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystallographic snapshots of eukaryotic dimethylallyltransferase acting on tRNA: insight into tRNA recognition and reaction mechanism.
著者: Zhou, C. / Huang, R.H.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA isopentenyltransferase
E: tRNA
B: tRNA isopentenyltransferase
F: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,57618
ポリマ－140,8464
非ポリマー73014
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: tRNA isopentenyltransferase
E: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,81210
ポリマ－70,4232
非ポリマー3898
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area28150 Å2
手法PISA
3
B: tRNA isopentenyltransferase
F: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7648
ポリマ－70,4232
非ポリマー3416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.463, 211.596, 125.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

21B-454-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain A,B, using restrain)
NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 13 - 415 / Label seq-ID: 1 - 403

Component-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BC

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 tRNA isopentenyltransferase / IPTase / Isopentenyl-diphosphate: tRNA isopentenyltransferase / IPP transferase / IPPT / ...IPTase / Isopentenyl-diphosphate: tRNA isopentenyltransferase / IPP transferase / IPPT / DIMETHYLALLYLTRANSFERASE


分子量: 48199.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 13-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MOD5, YOR274W / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07884, EC: 2.5.1.8
#2: RNA鎖 tRNA


分子量: 22224.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase

-
非ポリマー , 4種, 296分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.88 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Pentaerythritol propoxylate 426, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 278K, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成名称: Pentaerythritol propoxylate 426

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97850.9785
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.97850.9785
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年11月12日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2007年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 40472

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.95→50 Å / Occupancy max: 1.01 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.853 / σ(F): 3268
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 3023 6.6 %
Rwork0.197 --
obs-37204 81.2 %
溶媒の処理Bsol: 52.725 Å2
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 91.406 Å2 / Biso min: 27.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.027 Å20 Å20 Å2
2--42.396 Å20 Å2
3----14.369 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6678 2944 30 282 9934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.211
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6892.5
Refine LS restraints NCSRms: 0.076 / タイプ: restrain / Weight: 100
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5pp.parpp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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