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万見
- PDB-3eop: Crystal Structure of the DUF55 domain of human thymocyte nuclear ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eop
タイトルCrystal Structure of the DUF55 domain of human thymocyte nuclear protein 1
要素Thymocyte nuclear protein 1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / EVE domain / EVE domain / ph1033 like fold / ph1033 like domains / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymocyte nuclear protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yu, F. / Song, A. / Xu, C. / Sun, L. / Li, L. / Tang, L. / Hu, H. / He, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Determining the DUF55-domain structure of human thymocyte nuclear protein 1 from crystals partially twinned by tetartohedry
著者: Yu, F. / Song, A. / Xu, C. / Sun, L. / Li, J. / Tang, L. / Yu, M. / Yeates, T.O. / Hu, H. / He, J.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymocyte nuclear protein 1
B: Thymocyte nuclear protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9266
ポリマ－41,5412
非ポリマー3844
水66737
1
A: Thymocyte nuclear protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9633
ポリマ－20,7711
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thymocyte nuclear protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9633
ポリマ－20,7711
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.258, 51.258, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Thymocyte nuclear protein 1 / Thymocyte protein Thy28


分子量: 20770.738 Da / 分子数: 2 / 断片: DUF55 domain, UNP residues 55-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9P016
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.9
詳細: 0.1M NaAc (pH 4.0-4.8), 28% PEG 2000 MME, 200mM (NH4)2SO4, 3% 1,6-diaminohexane as additive, pH 10.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.41 Å / Num. all: 15997 / Num. obs: 15931 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 40.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Num. unique all: 2326 / % possible all: 98.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ar1

2ar1


解像度: 2.3→44.39 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 0 / σ(F): 0
詳細: Thin resolution shells. Quadruplets of twin related reflections were kept together in either the test set or the refinement set throughout refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 1422 8.2 %
Rwork0.1823 --
obs-15463 96.7 %
溶媒の処理Bsol: 59.208 Å2
原子変位パラメータBiso max: 68.11 Å2 / Biso mean: 36.2394 Å2 / Biso min: 5.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.031 Å2-0.085 Å2-0 Å2
2--0.031 Å2-0 Å2
3----0.062 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 20 37 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4452.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00602
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.17062
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.63209
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.79878
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3186 119 -
Rwork0.2513 --
obs-1255 91.36 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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