PDB-3eol: 2.0A crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitens...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eol

タイトル

2.0A crystal structure of isocitrate lyase from Brucella melitensis (P43212)

要素

isocitrate lyase

キーワード

LYASE / BRUCELLA / MELITENSIS / ISOCITRATE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of isocitrate lyase from Brucella melitensis
著者: SSGCID

履歴

登録	2008年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eol.cif.gz	154.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eol.ent.gz	120.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eooC 3eom 3eon C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u7n-d 7nr4-d 6ega-2 5xgd-1 6p7i-d 5xge-1 2cm3-1 4uc9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00014.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: isocitrate lyase

B: isocitrate lyase

ヘテロ分子

94.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: isocitrate lyase

B: isocitrate lyase

ヘテロ分子

A: isocitrate lyase

B: isocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
189 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.702, 79.702, 281.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	isocitrate lyase / E.C.4.1.3.1 分子量: 47206.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: BMEI0409 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8YIN4, UniProt: Q2YQA0*PLUS, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20% PEG 8000, 0.05M KH2PO4, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→39.84 Å / Num. obs: 62451 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.64 % / R_merge(I) obs: 0.156 / Χ²: 0.97 / Scaling rejects: 3133

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	7.78	0.625	2.1	47498	6105	1.01	100
2.07-2.15	7.82	0.547	2.4	48222	6162	1.03	100
2.15-2.25	7.74	0.488	2.8	47614	6147	1.04	100
2.25-2.37	7.49	0.426	3.2	46175	6153	1.05	100
2.37-2.52	7.2	0.36	3.8	44575	6174	1.05	100
2.52-2.71	6.73	0.293	4.4	42008	6213	1.03	100
2.71-2.99	6.12	0.215	5.5	38415	6236	0.94	99.9
2.99-3.42	5.44	0.15	6.7	34436	6269	0.82	99.9
3.42-4.31	4.83	0.107	9	31448	6325	0.83	99.5
4.31-39.84	5.4	0.067	16	37248	6667	0.75	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 49.74 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	39.9 Å
Translation	3 Å	39.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.7L	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.281 / WR_factor R_work: 0.237 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.814 / SU B: 4.652 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / SU R_free: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	3161	5.1 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
all	0.223	62437	-	-
obs	0.223	62437	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.16 Å² / B_iso mean: 37.863 Å² / B_iso min: 23.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5596	0	20	224	5840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.955	7735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.489	3	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.12	5	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.638	23.824	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.814	15	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.79	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.5	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.191	2	5658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.923	3	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.128	4.5	2076

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	229	-
R_work	0.291	4299	-
all	-	4528	-
obs	-	-	99.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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