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- PDB-3eoj: Fmo protein from Prosthecochloris Aestuarii 2K AT 1.3A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eoj
タイトルFmo protein from Prosthecochloris Aestuarii 2K AT 1.3A Resolution
要素Bacteriochlorophyll a protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / EXCITATION ENERGY TRANSFER / BETA SHEET / GAMMA-TURNS / Bacteriochlorophyll / Chlorophyll / Chromophore / Electron transport / Magnesium / Metal-binding / Reaction center / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriochlorophyll-a Protein / Bacteriochlorophyll A / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / AMMONIUM ION / Bacteriochlorophyll a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Prosthecochloris aestuarii 2K (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Tronrud, D.E. / Wen, J. / Gay, L. / Blankenship, R.E.
引用
ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2009
タイトル: The structural basis for the difference in absorbance spectra for the FMO antenna protein from various green sulfur bacteria.
著者: Tronrud, D.E. / Wen, J. / Gay, L. / Blankenship, R.E.
#1: ジャーナル: The Photosynthetic Reaction Center / 年: 1993
タイトル: Refinement of the Structure of a Water-Soluble Antenna Complex from Green Photosynthetic Bacteria by Incorporation of the Chemically Determined Amino Acid Sequence
著者: Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Structure and X-Ray Amino Acid Sequence of a Bacteriochlorophyll a Protein from Prosthecochloris Aestuarii Refined at 1.9 A Resolution
著者: Tronrud, D.E. / Schmid, M.F. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Chem.Scr. / 年: 1983
タイトル: Structural Studies of a Bacteriochlorophyll-Containing Protein
著者: Schmid, M.F. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Lipid-Protein Interactions / 年: 1982
タイトル: Lipid-Protein Interactions in a Bacteriochlorophyll-Containing Protein
著者: Matthews, B.W.
#5: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1980
タイトル: Structure of a Green Bacteriochlorophyll Protein
著者: Matthews, B.W. / Fenna, R.E.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Structure of a Bacteriochlorophyll A-Protein from the Green Photosynthetic Bacterium Prosthecochloris Aestuarii
著者: Matthews, B.W. / Fenna, R.E. / Bolognesi, M.C. / Schmid, M.F. / Olson, J.M.
#7: ジャーナル: The Photosynthetic Bacteria / 年: 1978
タイトル: Bacteriochlorophyll A-Protein from Green Bacteria
著者: Olson, J.M.
#8: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1977
タイトル: Atomic Coordinates for the Chlorophyll Core of a Bacteriochlorophyll A-Protein from Green Photosynthetic Bacteria
著者: Fenna, R.E. / Ten Eyck, L.F. / Matthews, B.W.
#9: ジャーナル: J.Ultrastruct.Res. / 年: 1977
タイトル: An Evaluation of Electron Micrographs of Bacteriochlorophyll A-Protein Crystals in Terms of the Structure Determined by X-Ray Crystallography
著者: Matthews, B.W. / Fenna, R.E. / Remington, S.J.
#10: ジャーナル: Brookhaven Symp.Biol. / 年: 1976
タイトル: Structure of a Bacteriochlorophyll A-Protein from Prosthecochloris Aestuarii
著者: Fenna, R.E. / Matthews, B.W.
#11: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Chlorophyll Arrangement in a Bacteriochlorophyll Protein from Chlorobium Limicola
著者: Fenna, R.E. / Matthews, B.W.
履歴
登録2008年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月18日Group: Other
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,54626
ポリマ－40,2821
非ポリマー8,26425
水7,314406
1
A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,63978
ポリマ－120,8473
非ポリマー24,79275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area54470 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area38880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.242, 111.242, 98.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2378-

NH4

21A-1155-

HOH

31A-1200-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriochlorophyll a protein / BChl a protein / BCP / FENNA-MATTHEWS-OLSON protein / FMO protein


分子量: 40282.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ANTENNA COMPLEX
由来: (天然) Prosthecochloris aestuarii 2K (バクテリア)
参照: UniProt: P11741

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非ポリマー , 5種, 431分子

#2: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE DATABASE SEQUENCE IS IN ERROR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Well Solution: 10mM Tris/HCL pH 8.0, 1.0M NaCl, 10% w/v (NH4)2SO4. Protein Solution: 10mM Tris/HCL pH 7.8 1.0M NaCl at 14mg/ml of complex. Drop composed of 5ul of protein solution and 3ul of ...詳細: Well Solution: 10mM Tris/HCL pH 8.0, 1.0M NaCl, 10% w/v (NH4)2SO4. Protein Solution: 10mM Tris/HCL pH 7.8 1.0M NaCl at 14mg/ml of complex. Drop composed of 5ul of protein solution and 3ul of well solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 168292 / Num. obs: 168292 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 16812 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BCL

1bcl
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.3→50 Å / Num. parameters: 37346 / Num. restraintsaints: 52424 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE. THE BOND LENGTHS AND ANGLES OF ALL BCL MOLECULES, EXCEPT FOR 378, WERE RESTRAINED TO THE GROUP AVERAGES CALCULATED FROM THESE SEVEN MOLECULES. NO ...詳細: WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE. THE BOND LENGTHS AND ANGLES OF ALL BCL MOLECULES, EXCEPT FOR 378, WERE RESTRAINED TO THE GROUP AVERAGES CALCULATED FROM THESE SEVEN MOLECULES. NO EXTERNAL LIBRARY WAS USED. THE BOND LENGTHS AND ANGLES OF 378 WERE RESTRAINED TO THE AVERAGE VALUES OF THE OTHER SEVEN BCL MOLECULES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1613 8438 5.28 %RANDOM
Rwork0.1353 ---
all0.1365 168283 --
obs0.1365 168283 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Bsol: 3.31935 Å2 / ksol: 0.8587 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 125 / Occupancy sum hydrogen: 3115.1 / Occupancy sum non hydrogen: 3629.76
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 571 406 3722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0311
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.093
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 871 -
Rwork0.2319 --
obs-17522 97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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