PDB-3eoi: CRYSTAL STRUCTURE OF putative PROTEIN PilM from Escherichia coli B7A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eoi

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative PROTEIN PilM from Escherichia coli B7A

要素

PilM

キーワード

structural genomics / unknown function / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PilM / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

Beta-Lactamase - #360 / PilM, inner membrane / PilM / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / PilM

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Wasserman, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Wasserman, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2008年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eoi.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eoi.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eoi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eoi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eoi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f5qC 6iiiC 6inyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j57-d 2cpz-d 7a48-d 5ke9-d 4f9k-1 6r3m-d 1x2q-d 1o4w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-10170a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PilM

B: PilM

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PilM

ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PilM

ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.754, 54.213, 50.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PilM 分子量: 13828.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B7A / 遺伝子: pilM, Q68JC9_ECOLI / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q68JC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M bis-tris, ph 5.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 34498 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.628

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.57-1.6	2.5	0.409	1	87.7
1.6-1.63	2.7	0.359	1	91.3
1.63-1.66	2.9	0.326	1	91.2
1.66-1.69	3.1	0.289	1	92.6
1.69-1.73	3.6	0.314	1	98.5
1.73-1.77	3.9	0.318	1	99.7
1.77-1.81	4.1	0.284	1	99.9
1.81-1.86	4.2	0.261	1	100
1.86-1.92	4.1	0.24	1	99.4
1.92-1.98	4.2	0.202	1	100
1.98-2.05	4.2	0.157	1	100
2.05-2.13	4.2	0.147	1	99.9
2.13-2.23	4.2	0.128	1	100
2.23-2.35	4.2	0.13	1	99.9
2.35-2.49	4.2	0.103	1	100
2.49-2.68	4.2	0.103	1	100
2.68-2.95	4.2	0.089	1	100
2.95-3.38	4.2	0.077	1	100
3.38-4.26	4.2	0.073	1	100
4.26-50	4.1	0.071	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

解像度: 1.52→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.783 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23688	1816	5 %	RANDOM
R_work	0.18961	-	-	-
obs	0.19203	34498	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1934	0	0	357	2291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.945	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.892	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.953	23.617	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.769	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.075	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.393	3.5	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.113	50	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.421	50	746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.973	4.5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.517→1.556 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	124	-
R_work	0.33	2312	-
obs	-	-	91.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2901	0.208	0.0502	1.0279	-0.0052	0.1879	0.0279	0.0152	-0.0172	-0.0448	-0.0085	-0.0211	0.0109	0.0179	-0.0193	-0.0206	-0.0009	0.0148	0.0005	-0.0087	-0.0212	46.0588	15.1653	22.5845
2	0.1917	-0.0497	-0.0332	0.7998	0.2065	0.2807	-0.0062	0.0107	0.0015	0.0412	-0.0096	-0.0439	0.0145	0.0089	0.0158	-0.0207	-0.0084	0.0059	-0.008	0.0017	-0.0067	26.0857	47.3963	-4.8543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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