ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.006 データ抽出 Show HKL-2000データ削減 SHELXS位相決定
精密化 解像度 : 1.52→19.99 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.956 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.926 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / SU B : 3.783 / SU ML : 0.069 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.088 / ESU R Free : 0.094 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.23688 1816 5 % RANDOM Rwork 0.18961 - - - obs 0.19203 34498 99.33 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 16.448 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.52→19.99 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1934 0 0 357 2291
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.018 0.021 1970 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.689 1.945 2674 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.892 5 244 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg33.953 23.617 94 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.769 15 338 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg21.075 15 18 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.121 0.2 304 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.021 1498 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.393 3.5 1224 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it4.113 50 1968 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it8.421 50 746 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it1.973 4.5 706 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.517→1.556 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.395 124 - Rwork 0.33 2312 - obs - - 91.68 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.2901 0.208 0.0502 1.0279 -0.0052 0.1879 0.0279 0.0152 -0.0172 -0.0448 -0.0085 -0.0211 0.0109 0.0179 -0.0193 -0.0206 -0.0009 0.0148 0.0005 -0.0087 -0.0212 46.0588 15.1653 22.5845 2 0.1917 -0.0497 -0.0332 0.7998 0.2065 0.2807 -0.0062 0.0107 0.0015 0.0412 -0.0096 -0.0439 0.0145 0.0089 0.0158 -0.0207 -0.0084 0.0059 -0.008 0.0017 -0.0067 26.0857 47.3963 -4.8543
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A2 - 124 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B2 - 124