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万見
- PDB-3eni: Crystal structure of the Fenna-Matthews-Olson Protein from Chloro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eni
タイトルCrystal structure of the Fenna-Matthews-Olson Protein from Chlorobaculum Tepidum
要素Bacteriochlorophyll a protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / BETA SHEET / GAMMA TURN / Bacteriochlorophyll / Chlorophyll / Chromophore / Electron transport / Magnesium / Metal-binding / Reaction center / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriochlorophyll-a Protein / Bacteriochlorophyll A / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / Bacteriochlorophyll a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tronrud, D. / Camara-Artigas, A. / Blankenship, R. / Allen, J.P.
引用
ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2009
タイトル: The structural basis for the difference in absorbance spectra for the FMO antenna protein from various green sulfur bacteria.
著者: Tronrud, D.E. / Wen, J. / Gay, L. / Blankenship, R.E.
#1: ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2003
タイトル: The Structure of the Fmo Protein from Chlorobium Tepidum at 2.2 A Resolution
著者: Camara-Artigas, A. / Blankenship, R. / Allen, J.P.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of the Bacteriochlorophyll a Protein from Chlorobium Tepidum
著者: Li, Y.F. / Zhou, W.L. / Blankenship, R.E. / Allen, J.P.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年5月12日ID: 1M50, 1KSA
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriochlorophyll a protein
C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,00918
ポリマ－80,4242
非ポリマー14,58416
水3,711206
1
A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,51327
ポリマ－120,6373
非ポリマー21,87624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area51530 Å2
ΔGint-380 kcal/mol
Surface area37260 Å2
手法PISA
2
C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,51327
ポリマ－120,6373
非ポリマー21,87624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area51530 Å2
ΔGint-374 kcal/mol
Surface area37170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.100, 169.100, 169.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriochlorophyll a protein / BChl a protein / BCP / Fenna-Matthews-Olson protein / FMO protein


分子量: 40212.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: This species was formerly known as Chlorobium tepidum
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q46393
#2: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 6% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 600, 50 MM SODIUM CITRATE, 10% (V/V) 2-PROPONAL, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: GRAPHITE FILTER
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 41641 / Num. obs: 41641 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 27.796 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.742 / % possible all: 63.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 1853 5.05 %RANDOM
Rwork0.1633 ---
all0.1655 36706 --
obs0.1655 36706 86.54 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5445 0 1122 206 6773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01168652
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.19596292
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.47813710
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle17.955360
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0082572
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0189225
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.437686120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.045365
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3364 225 5.43 %
Rwork0.2705 3922 -
all0.274 4147 -
obs-4147 86.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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