PDB-3enb: Crystal Structure of PRP8 core domain IV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3enb

タイトル

Crystal Structure of PRP8 core domain IV

要素

Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / PRP8 domain IV / beta finger / RNase H / spliceosome / U5-220K / Disease mutation / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / Retinitis pigmentosa / RNA-binding / Sensory transduction / Vision

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schellenberg, M.J. / Ritchie, D.B. / MacMillan, A.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural elucidation of a PRP8 core domain from the heart of the spliceosome.
著者: Ritchie, D.B. / Schellenberg, M.J. / Gesner, E.M. / Raithatha, S.A. / Stuart, D.T. / Macmillan, A.M.

履歴

登録	2008年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3enb.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3enb.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3enb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jkd-1 4jkh-1 4jkb-1 4jkc-1 4jke-1 4jka-1 4jkg-1 4jk8-1 4jk9-1 4jka-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (24) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

51.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.397, 78.062, 93.575
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Splicing factor Prp8 / PRP8 homolog / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / p220 分子量: 25538.787 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1769-1990 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF8, PRPC8 / プラスミド: pMALC2X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Splicing factor Prp8 / PRP8 homolog / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / p220

分子量: 25538.787 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1769-1990 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF8, PRPC8 / プラスミド: pMALC2X / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6P2Q9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872, 0.9796, 1.0200, 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.115872	1
2	0.9796	1
3	1.02	1
4	0.9797	1

Reflection

冗長度: 2.9 % / Av σ(I) over netI: 27.88 / 数: 138717 / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.01 / D res high: 2.3 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 47374 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.96	100	98	1	0.028	1.019	2.9
3.93	4.96	99.5	1	0.03	1.036	3
3.44	3.93	99.7	1	0.038	0.98	3
3.12	3.44	99.6	1	0.05	1.007	3
2.9	3.12	99.6	1	0.072	1.035	3
2.73	2.9	99.5	1	0.096	1.05	3
2.59	2.73	99.2	1	0.136	1.018	3
2.48	2.59	99	1	0.187	0.979	2.9
2.38	2.48	98.6	1	0.224	0.964	2.9
2.3	2.38	98	1	0.264	0.981	2.8

反射

解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 47833 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.023 / Net I/σ(I): 27.879

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.92	3.5	0.408	4687	1.186	1	99.6
1.92-1.99	3.9	0.292	4740	1.121	1	99.8
1.99-2.08	4	0.199	4700	1.062	1	99.8
2.08-2.19	4.1	0.123	4736	0.993	1	100
2.19-2.33	4	0.112	4732	1.017	1	99.7
2.33-2.51	4.1	0.067	4791	0.944	1	100
2.51-2.76	4.1	0.053	4768	0.947	1	100
2.76-3.16	4.1	0.037	4822	0.963	1	100
3.16-3.99	4	0.029	4843	1.045	1	99.8
3.99-100	3.8	0.021	5014	0.994	1	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.36 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.47 / 反射: 23362

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9796	3.85	-8.32
1	3 wavelength	2	1.02	0.54	-2.84
1	3 wavelength	3	0.9797	0.5	-8.05

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	14.631	0.801	0.24	0.216	0.629
2	Se	60	0.14	0.494	0.135	0.837
3	Se	60	0.16	0.582	0.186	0.761
4	Se	41.441	0.101	0.324	0.03	0.711

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.39-30	0.69	1192
5.33-8.39	0.66	1961
4.18-5.33	0.58	2503
3.54-4.18	0.54	2884
3.13-3.54	0.51	3266
2.84-3.13	0.45	3565
2.61-2.84	0.38	3843
2.43-2.61	0.28	4148

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→59.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.294 / WR_factor R_work: 0.242 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.854 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	2414	5.1 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	47768	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.75 Å² / B_iso mean: 27.164 Å² / B_iso min: 12.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→59.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3439	0	0	379	3818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.963	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.162	5	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.371	24.564	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.545	15	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.805	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.876	1.5	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.464	2	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.138	3	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.334	4.5	1317

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.895 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	175	-
R_work	0.242	3013	-
all	-	3188	-
obs	-	-	97.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 49.68 Å / Origin y: 2.484 Å / Origin z: 17.129 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3102 Å²	0.0043 Å²	0.0033 Å²	-	0.306 Å²	0.0008 Å²	-	-	0.3036 Å²
L	0.1663 °²	0.079 °²	0.0273 °²	-	0.1702 °²	0.016 °²	-	-	0.1467 °²
S	0.0034 Å °	-0.0116 Å °	-0.0001 Å °	0.0063 Å °	-0.0021 Å °	0.0166 Å °	0.0044 Å °	-0.0164 Å °	-0.0012 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1774 - 1988
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1771 - 1989

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