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- PDB-3en5: Targeted polypharmacology: crystal structure of the c-Src kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3en5
タイトルTargeted polypharmacology: crystal structure of the c-Src kinase domain in complex with PP494, a multitargeted kinase inhibitor
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードTRANSFERASE / SRC / tyrosine / kinase / polypharmacology / inhibitor / multitarget / phosphoinositide / signaling / pyrazolopyrimidine / kinase-inhibitor complex / ATP-binding / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene / SH2 domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / immune system process / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / cell-cell junction / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell differentiation / cytoskeleton / mitochondrial inner membrane / regulation of cell cycle / cell adhesion / endosome membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KS4 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Blair, J.A. / Apsel, B. / Knight, Z.A. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Targeted polypharmacology: discovery of dual inhibitors of tyrosine and phosphoinositide kinases.
著者: Apsel, B. / Blair, J.A. / Gonzalez, B. / Nazif, T.M. / Feldman, M.E. / Aizenstein, B. / Hoffman, R. / Williams, R.L. / Shokat, K.M. / Knight, Z.A.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1044
ポリマ－65,4532
非ポリマー6512
水25214
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0522
ポリマ－32,7271
非ポリマー3251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0522
ポリマ－32,7271
非ポリマー3251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.296, 62.985, 74.144
Angle α, β, γ (deg.)101.14, 92.15, 90.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / pp60c-src / p60-Src / c-Src


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression plasmid is pET28a modified to yield an N-terminal, tobacco etch virus (TEV) protease cleavable His6 tag
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-KS4 / 1-cyclobutyl-3-(3,4-dimethoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 325.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26 mg/mL kinase, 50 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol mixed 1:1 with 22% (w/v) glycerol precipitant well solution, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日
放射モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 21229 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 9.621
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.65-2.742.60.417197
2.74-2.852.90.402197.9
2.85-2.983.30.38198.4
2.98-3.143.70.327198.3
3.14-3.343.90.257198.6
3.34-3.63.90.17198.4
3.6-3.963.90.131198.4
3.96-4.533.90.099198.4
4.53-5.713.80.09198.6
5.71-503.90.07199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å43.14 Å
Translation2.6 Å43.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→43.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.303 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.512 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24788 1080 5.1 %RANDOM
Rwork0.20423 ---
obs0.20644 20103 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20.01 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→43.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 48 14 3882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.9855408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2155493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.72123.487152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24815613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9831521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.21715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5181.52489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01223969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96831480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1434.51435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 70 -
Rwork0.242 1381 -
obs--91.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55780.95620.465.37454.80094.78380.0867-0.18780.09140.281-0.21470.24870.2351-0.15310.1280.2295-0.0226-0.04550.21310.01760.05116.02014.123415.0878
21.8937-0.16170.16982.0464-0.29351.21550.01590.0453-0.00980.1141-0.00450.0562-0.0246-0.082-0.01140.0085-0.00490.0060.03950.01120.0472-0.9071-2.7506-10.3963
31.8333-1.3678-1.75592.66670.37095.84180.29280.28030.201-0.6319-0.1662-0.1252-0.81760.1576-0.12650.3674-0.0068-0.04370.1586-0.01410.07697.1234-26.7883-40.406
41.95220.3793-0.08891.78050.15681.436-0.0126-0.0282-0.0927-0.0566-0.0082-0.01520.02870.13440.02090.00780.0174-0.00570.06030.00860.07189.6217-34.1239-14.955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A248 - 342
2X-RAY DIFFRACTION2A343 - 533
3X-RAY DIFFRACTION3B248 - 342
4X-RAY DIFFRACTION4B343 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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