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万見
- PDB-3emp: Crystal Structure of the S-acetanilide modified form of C165S AhpC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3emp
タイトルCrystal Structure of the S-acetanilide modified form of C165S AhpC
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / AhpC / peroxiredoxin / Antioxidant / Peroxidase / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Karplus, P.A. / Hall, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Cysteine pK(a) Values for the Bacterial Peroxiredoxin AhpC
著者: Nelson, K.J. / Parsonage, D. / Hall, A. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.
履歴
登録2008年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1265
ポリマ－103,1265
非ポリマー00
水00
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,25110
ポリマ－206,25110
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area16380 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area64510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.315, 137.315, 145.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22


分子量: 20625.123 Da / 分子数: 5 / 変異: C165S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: ahpC / プラスミド: PAC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TA4315 / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.01 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月17日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→100 Å / Num. obs: 13761 / % possible obs: 98.4 %
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.508 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YF1

1yf1


解像度: 4→17.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 0.006 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 685 5 %RANDOM
Rwork0.301 ---
obs0.302 12924 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20.46 Å2-0 Å2
2--0.93 Å2-0 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→17.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6379 0 0 0 6379
LS精密化 シェル解像度: 4→4.1 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 64 -
Rwork0.394 947 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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