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- PDB-3emo: Crystal structure of transmembrane Hia 973-1098 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3emo
タイトルCrystal structure of transmembrane Hia 973-1098
要素Hia (Adhesin)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/CELL ADHESION / transmembrane / outer membrane / Hia adhesin / trimeric autotransporter / MEMBRANE PROTEIN-CELL ADHESION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / : / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / GSPII I/J protein-like ...Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / : / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / GSPII I/J protein-like / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Meng, G. / Waksman, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Repetitive Architecture of the Haemophilus influenzae Hia Trimeric Autotransporter
著者: Meng, G. / St Geme, J.W. / Waksman, G.
履歴
登録2008年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Hia (Adhesin)
A: Hia (Adhesin)
B: Hia (Adhesin)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9573
ポリマ－48,9573
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.300, 45.811, 56.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hia (Adhesin)


分子量: 16319.004 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 937-1098 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
プラスミド: pASK-iba12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48152

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 10069 / Num. obs: 8519 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 45.151 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 60.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2gr7

2gr7


解像度: 3→29.57 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.699 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1017 10.08 %random
Rwork0.221 9072 --
obs-8519 97.24 %-
溶媒の処理Bsol: 41.496 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.4 Å2 / Biso mean: 61.602 Å2 / Biso min: 34.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.373 Å2-0 Å2-39.637 Å2
2---14.451 Å2-0 Å2
3----10.921 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 0 0 2605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9841
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
3-3.0580.273494X-RAY DIFFRACTION1887
3.058-3.120.295454X-RAY DIFFRACTION1883
3.12-3.1880.267489X-RAY DIFFRACTION1885
3.188-3.2620.257499X-RAY DIFFRACTION1886
3.262-3.3440.235501X-RAY DIFFRACTION1890
3.344-3.4340.232473X-RAY DIFFRACTION1884
3.434-3.5350.224506X-RAY DIFFRACTION1887
3.535-3.6490.215487X-RAY DIFFRACTION1887
3.649-3.7790.206523X-RAY DIFFRACTION1888
3.779-3.930.178497X-RAY DIFFRACTION1890
3.93-4.1090.188508X-RAY DIFFRACTION1887
4.109-4.3250.173517X-RAY DIFFRACTION1889
4.325-4.5960.184510X-RAY DIFFRACTION1888
4.596-4.950.198510X-RAY DIFFRACTION1889
4.95-5.4470.212511X-RAY DIFFRACTION1890
5.447-6.2320.238529X-RAY DIFFRACTION1889
6.232-7.840.226525X-RAY DIFFRACTION1888
7.84-37.5480.25539X-RAY DIFFRACTION1887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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