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- PDB-3eka: Crystal structure of the complex of hyaluranidase trimer with asc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eka
タイトルCrystal structure of the complex of hyaluranidase trimer with ascorbic acid at 3.1 A resolution reveals the locations of three binding sites
要素Hyaluronidase, phage associated
キーワードLYASE / ASCORBIC ACID COMPLEX / HYALURONAN LYASE / PHAGE TAIL FIBRE / TRIPLE-STRANDED
機能・相同性Hyaluronidase, bacterial / Hyaluronidase protein (HylP) / Major tropism determinant, N-terminal domain / Major tropism determinant N-terminal domain / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / ASCORBIC ACID / Hyaluronidase, phage associated
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Mishra, P. / Ethayathulla, A.S. / Prem Kumar, R. / Singh, N. / Sharma, S. / Kaur, P. / Bhakuni, V. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Polysaccharide binding sites in hyaluronate lyase--crystal structures of native phage-encoded hyaluronate lyase and its complexes with ascorbic acid and lactose.
著者: Mishra, P. / Prem Kumar, R. / Ethayathulla, A.S. / Singh, N. / Sharma, S. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Bhakuni, V. / Singh, T.P.
履歴
登録2008年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年9月29日ID: 2PK1
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyaluronidase, phage associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3264
ポリマ－35,7971
非ポリマー5283
水1,11762
1
A: Hyaluronidase, phage associated
ヘテロ分子

A: Hyaluronidase, phage associated
ヘテロ分子

A: Hyaluronidase, phage associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,97712
ポリマ－107,3923
非ポリマー1,5859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area60520 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area38850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.502, 58.502, 583.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-384-

HOH

21A-386-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hyaluronidase, phage associated


分子量: 35797.172 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 7-338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: hylP1, HYLP2, SPy_0701 / プラスミド: PET 21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A0M7, hyaluronate lyase
#2: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: TRIS HCL, SODIUM FORMATE, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 203 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.803 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 6874 / Num. obs: 6874 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C3F

2c3f


解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 20.1 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.619 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 516 7.5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.212 6874 --
obs0.204 6358 90 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.68 Å22.34 Å20 Å2
2--4.68 Å20 Å2
3----7.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 36 62 2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3111.9833487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0955331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.54525.472106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.86915465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7451511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3080.21041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2250.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6721.51684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12522620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13731023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4894.5867
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 35 -
Rwork0.234 446 -
obs--90.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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