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- PDB-3ejk: Crystal structure of dTDP Sugar Isomerase (YP_390184.1) from DESU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ejk
タイトルCrystal structure of dTDP Sugar Isomerase (YP_390184.1) from DESULFOVIBRIO DESULFURICANS G20 at 1.95 A resolution
要素dTDP Sugar Isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / YP_390184.1 / dTDP Sugar Isomerase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Unknown ligand / Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of dTDP Sugar Isomerase (YP_390184.1) from DESULFOVIBRIO DESULFURICANS G20 at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP Sugar Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0827
ポリマ－19,3191
非ポリマー7636
水2,306128
1
A: dTDP Sugar Isomerase
ヘテロ分子

A: dTDP Sugar Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,16414
ポリマ－38,6392
非ポリマー1,52512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area6460 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.790, 86.510, 51.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 dTDP Sugar Isomerase / Polysaccharide biosynthesis domain protein


分子量: 19319.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20 (バクテリア)
遺伝子: YP_390184.1, Dde_3696 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q30V07

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非ポリマー , 5種, 134分子

#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 30.0000% PEG-6000, 0.1M Citrate pH 5.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97911,0.97932
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月10日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979111
30.979321
反射解像度: 1.95→29.722 Å / Num. obs: 13593 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.509 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.09
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.95-2.020.4971.747842516196.9
2.02-2.10.3852.148052510198.7
2.1-2.20.32.851092651198.7
2.2-2.310.2493.346002389198.3
2.31-2.460.1944.150932647199.1
2.46-2.650.1694.848402498198.8
2.65-2.910.1296.248202490198.5
2.91-3.330.07210.249102531198.9
3.33-4.190.04516.149162527198.3
4.19-29.7220.03319.449982563198.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.722 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.699 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.143
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CIT, PG4 AND GOL MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO SOLUTIONS ARE MODELED. 5. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED COVALENTLY ATTACHED TO SG ATOM OF RESIDUE CYSTEINE 83. THIS RESEMBLES CYSTEINE RESIDUE MODIFIED TO THIO METHYLATED CYSTEINE (SCH).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 673 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 13584 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.02 Å2 / Biso mean: 27.245 Å2 / Biso min: 14.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1211 0 47 128 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7212.0011804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41332216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.845166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08522.85756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.36615195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4991511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9672801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1772316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84241300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3746519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0258499
LS精密化 シェル解像度: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 39 -
Rwork0.226 956 -
all-995 -
obs--99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.494 Å / Origin y: 14.632 Å / Origin z: 2.649 Å
111213212223313233
T-0.1268 Å2-0.004 Å2-0.0097 Å2-0.0027 Å2-0.0007 Å2---0.0966 Å2
L0.9209 °20.113 °2-0.4399 °2-0.6192 °2-0.1001 °2--0.739 °2
S-0.0022 Å °0.0673 Å °0.0147 Å °-0.0548 Å °-0.014 Å °-0.0225 Å °-0.0614 Å °-0.0338 Å °0.0162 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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