PDB-3ej9: Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ej9

タイトル

Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase activity

要素

Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase / CaaD / dehalogenase / Isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxymuconate tautomerase / : / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas pavonaceae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Pegan, S. / Serrano, H. / Whitman, C.P. / Mesecar, A.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structural and mechanistic analysis of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase activity.
著者: Pegan, S.D. / Serrano, H. / Whitman, C.P. / Mesecar, A.D.

履歴

登録	2008年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ej9.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ej9.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ej9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3ej9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3ej9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ej3SC 3ej7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ej3-1 3ej3-2 4z1u-1 4q3f-2 6vvn-d 3ej7-1 1s0y-1 6vvm-d 6ogm-2 4wrb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

B: Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

C: Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

D: Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

E: Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

F: Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase

48 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.280, 69.670, 89.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase 分子量: 8485.717 Da / 分子数: 3 / 変異: E52Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas pavonaceae (バクテリア) 遺伝子: caaD1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EV85
#2: タンパク質	Beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase 分子量: 7516.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas pavonaceae (バクテリア) 遺伝子: caaD2 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EV84
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.43 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→55.1 Å / Num. all: 56197 / Num. obs: 56197 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EJ3

3ej3

解像度: 1.5→55.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 2.815 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24704	2850	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21119	-	-	-
obs	0.21296	53285	97.41 %	-
all	-	56135	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2821	0	0	378	3199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.123	1.958	4012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.508	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.948	23.407	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.437	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.343	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.129	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.125	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.475	1.5	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.705	2	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.264	3	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.896	4.5	980

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.535 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	191	-
R_work	0.209	3389	-
obs	-	-	86.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	36.4188	-2.6632	-1.5512	1.4994	-0.8246	0.8964	-0.0371	-0.2388	0.2061	0.0467	0.0951	0.333	-0.0544	-0.1201	-0.0581	-0.1549	-0.0082	0.0082	-0.1524	-0.0231	-0.0621	-13.5619	7.2138	-13.4527
2	9.9697	2.5155	-5.137	7.5828	-7.4285	8.0593	-0.2076	-0.2787	-0.2397	0.219	-0.2274	-0.4706	0.1735	0.1636	0.435	-0.1502	0.0089	-0.0027	-0.1259	0.0033	-0.1408	-0.7819	0.6225	-10.0933
3	11.6783	-3.4265	-5.5259	4.6925	0.5987	7.9081	-0.2888	-0.2756	-0.3857	0.3234	0.0768	0.1438	0.342	0.0887	0.212	-0.1348	0.0013	0.0242	-0.1229	0.0064	-0.1758	-9.659	-1.7429	-4.514
4	19.5866	-5.6924	-1.4008	10.8463	-3.7433	2.9405	-0.073	-0.1246	0.0735	-0.0139	-0.021	0.0823	-0.1039	-0.0315	0.094	-0.114	0.0338	0.0344	-0.1098	0.0011	-0.1626	-18.3021	7.2314	-3.243
5	19.5646	-2.7554	-7.7175	28.7432	5.4584	18.0121	-0.3248	-0.3469	-0.4605	0.2857	0.3895	0.8862	-0.0443	-0.7336	-0.0647	-0.1204	0.0701	0.0866	-0.0173	0.0421	-0.0075	-25.6307	10.4202	-4.0622
6	17.3399	-2.0478	-10.3992	20.6136	10.7175	22.496	-0.5226	-1.115	-0.5904	1.0162	-0.3346	0.6423	1.1169	-0.3933	0.8572	-0.0036	-0.0545	0.0826	0.0207	0.0347	0.0054	-25.9156	3.0243	-7.588
7	19.6001	-0.2808	-3.6673	2.5984	-0.8557	1.2175	-0.0442	0.2348	0.0199	-0.0582	0.0395	0.1018	0.0554	-0.0399	0.0047	-0.1743	-0.0181	-0.002	-0.147	-0.0267	-0.148	-10.0577	2.9089	-15.0469
8	6.1995	-2.7038	-4.7014	13.3482	3.2626	6.4502	0.1023	-0.2745	0.3218	0.133	0.0776	-0.6486	-0.1375	0.2018	-0.1799	-0.203	-0.0222	-0.0472	-0.1277	0.0254	-0.0756	2.78	12.486	-15.7719
9	3.1723	2.1287	-2.7154	19.2136	-9.6981	9.3857	0.002	-0.3397	0.0029	0.9305	-0.292	-0.7341	-0.2001	0.2554	0.29	-0.1473	-0.0029	-0.0733	-0.0505	0.0127	-0.0604	5.7089	7.5748	-11.3911
10	4.2029	-9.7469	-8.334	30.3539	20.6598	19.6653	0.1555	0.1169	0.0622	-0.2559	-0.1126	0.1317	0.1249	-0.0119	-0.0429	-0.1523	0.0376	-0.0335	-0.1304	-0.0001	-0.132	-8.5406	16.4969	-25.615
11	0.036	-0.6389	1.0771	11.3269	-19.0956	32.1925	0.3556	0.2931	0.455	0.6733	0.3342	0.7283	-0.3817	-0.5268	-0.6898	-0.0551	0.0393	0.0578	-0.0858	0.0679	0.0937	-13.0816	30.7336	-24.5291
12	7.7795	-3.8097	-3.0479	14.404	3.213	3.3649	0.0494	0.2406	0.0868	-0.4319	-0.0041	0.612	-0.105	-0.1779	-0.0452	-0.1219	0.0047	-0.0218	-0.1286	0.0383	-0.0415	-8.2371	28.3193	-31.2869
13	16.5155	-9.8056	-0.676	14.5508	3.7324	6.3054	0.2198	0.5492	0.449	-0.8048	-0.134	-0.505	-0.2986	0.3542	-0.0858	-0.0721	-0.0277	0.0358	-0.1189	0.0256	-0.0718	-0.6778	21.4497	-33.9527
14	15.0704	1.0546	5.7777	4.3634	3.3679	14.8265	0.0277	0.6615	0.0942	-0.53	-0.0226	-0.4584	0.3457	0.3937	-0.0051	-0.0437	0.0446	0.0908	0.0222	0.0306	-0.0168	2.973	14.9988	-36.1179
15	15.5721	0.2349	-4.2375	4.6466	1.1918	8.7733	-0.1008	0.9701	-0.4039	-0.5482	0.0997	-0.4689	0.3491	0.2473	0.0011	-0.0449	0.0381	0.0194	-0.0384	-0.0189	-0.1074	-5.917	13.7078	-36.5998
16	3.0871	-4.5998	-7.4302	6.9263	12.0211	30.3297	0.2374	0.1563	0.4044	0.0835	0.0668	0.0522	-0.546	-0.0686	-0.3042	-0.1454	0.0023	0.0287	-0.1306	-0.0015	-0.0591	-13.8074	22.9908	-21.085
17	25.2802	-6.894	12.176	5.7271	-3.8126	10.6513	-0.3071	-0.0327	0.0266	0.2953	0.1369	0.0012	-0.611	-0.0447	0.1702	-0.0334	-0.0193	0.0291	-0.1571	-0.0445	-0.0956	-9.8183	21.3662	-10.0975
18	25.8908	-23.6365	7.2681	35.3607	1.0183	6.2906	-0.473	-0.6461	0.7797	0.4409	0.1923	0.3228	-0.959	-0.3814	0.2807	0.1957	-0.0103	0.0101	-0.0438	-0.0794	0.0575	-9.181	26.1346	-4.9324
19	2.4135	-4.0015	5.1006	28.9646	-28.323	31.8167	0.0332	0.0239	0.0703	-0.0409	0.3229	0.2303	-0.2377	-0.5301	-0.3562	-0.1573	0.04	0.0371	-0.1157	-0.005	-0.1165	-15.7622	7.0399	-28.4946
20	0.3175	-1.2282	1.0518	9.7839	4.2041	17.0894	0.1237	0.1906	-0.1182	-0.3524	-0.0857	0.0268	0.3095	0.1338	-0.0381	-0.0666	-0.0149	-0.0278	-0.1299	-0.0112	-0.1098	-11.534	-7.4618	-25.3734
21	13.1384	0.4152	6.8884	10.0242	-4.2967	12.1491	0.1732	0.5219	-0.6172	-0.9745	-0.1854	0.1082	0.7234	0.4136	0.0122	0.0244	0.023	-0.0545	-0.1396	-0.0274	-0.1069	-13.8953	-7.079	-34.5537
22	9.3231	-9.0562	5.2968	12.2815	-1.7959	9.9742	0.2828	0.2364	0.1158	-0.5214	-0.0239	0.6245	0.2389	-0.3336	-0.2589	-0.0751	-0.0222	-0.0693	-0.0766	0.0003	-0.0515	-20.4619	0.6022	-35.7827
23	11.2923	-0.4792	-1.7747	26.0063	-2.5778	5.131	0.055	0.4251	-0.0532	-0.3909	-0.0706	0.2681	-0.3494	-0.3635	0.0156	-0.0303	0.073	-0.0773	-0.0034	-0.018	-0.0121	-24.9445	9.3094	-37.9655
24	25.875	-7.1673	9.4471	18.0987	5.645	30.1604	0.3769	1.5681	-0.3561	-1.0491	0.083	0.3785	0.0285	0.192	-0.4599	0.0268	0.0128	-0.0753	0.0015	-0.0228	-0.1039	-16.5098	9.4514	-41.7719
25	2.204	-3.3954	3.6519	8.6526	-10.1815	12.1875	0.0175	0.0398	0.0202	0.0289	-0.131	-0.1124	-0.1302	0.1174	0.1135	-0.1335	-0.0014	0.0034	-0.1344	-0.0088	-0.1474	-10.8755	2.0381	-26.906
26	14.0689	-4.8089	-0.076	4.7203	0.6772	7.9411	-0.1741	-0.4595	-0.4026	0.2017	0.1061	0.5995	0.2356	-0.5233	0.068	-0.1215	-0.0235	0.0408	-0.1431	0.0022	-0.0876	-17.1222	-3.485	-11.8859
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53	10.6508	-4.731	-5.2037	12.3781	6.0243	9.9317	0.2158	0.431	0.2343	-0.1758	-0.1105	-0.0123	-0.1251	-0.324	-0.1053	-0.0737	0.0268	-0.0576	-0.0589	0.0248	-0.1246	-12.5379	18.6995	-34.9802
54	9.3926	-2.6415	6.8196	28.5611	-12.6741	10.6506	-0.4466	0.0562	0.5987	-0.8753	0.782	0.5643	-0.961	-1.0945	-0.3353	0.1136	0.0663	-0.0004	0.0942	0.0706	0.019	-12.957	21.9984	-40.0575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 13
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	14 - 22
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	23 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	29 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	35 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	40 - 47
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	48 - 54
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	55 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	2 - 8
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	9 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	15 - 21
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	22 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	30 - 36
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	37 - 41
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	42 - 48
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	49 - 55
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	56 - 59
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	2 - 7
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	8 - 14
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	15 - 19
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	20 - 26
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	27 - 34
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	35 - 39
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	40 - 47
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	48 - 56
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	57 - 63
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	2 - 7
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	8 - 15
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	F	56 - 58

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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