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- PDB-3ej6: Neurospora Crassa Catalase-3 Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ej6
タイトルNeurospora Crassa Catalase-3 Crystal Structure
要素Catalase-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / LARGE CATALASE STRUCTURE / NEUROSPORA CRASSA / HEME / HYDROGEN PEROXIDE / IRON / METAL-BINDING / PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase / Catalase immune-responsive domain ...Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Diaz, A. / Valdes, V.-J. / Rudino-Pinera, E. / Horjales, E. / Hansberg, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure-Function Relationships in Fungal Large-Subunit Catalases
著者: Diaz, A. / Valdes, V.-J. / Rudino-Pinera, E. / Horjales, E. / Hansberg, W.
履歴
登録2008年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-3
B: Catalase-3
C: Catalase-3
D: Catalase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,97516
ポリマ－304,7394
非ポリマー4,23612
水24,5901365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56510 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area76440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.835, 154.507, 162.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Catalase-3


分子量: 76184.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AERIAL MYCELIUM / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 株: 74-ORS23-1A / 参照: UniProt: Q9C169, catalase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS PROTEIN HAS SIGNALING SEQUENCE FOR PROCESSING AND SECRETION, MRVNALLPLSGLIGTALAACPFADPSALGRR ...THIS PROTEIN HAS SIGNALING SEQUENCE FOR PROCESSING AND SECRETION, MRVNALLPLSGLIGTALAACPFADPSALGRR AT THE N-TERMINAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 4000, 50MM TRIS, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月12日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.68 Å / Num. obs: 152747 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SY7

1sy7


解像度: 2.3→34.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 13.187 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 -5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.237 136823 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21360 0 284 1365 23009
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02221945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0214656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7631.9629875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.752335332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.61152720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11424.0331086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.499153285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8915140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.23172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0225064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1450.24654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1610.216840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.210938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.211061
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0750.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0890.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.10.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0970.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0570.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0361.517285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0041.55548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.034221591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.07939946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.114.58276
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 228 -
Rwork0.249 4325 -
obs--42.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3831-0.09080.04120.41630.04230.3250.00430.0116-0.1028-0.042-0.03010.25360.0512-0.18190.0258-0.0315-0.0316-0.0233-0.0269-0.00750.0204-22.913-10.82623.127
20.3898-0.1155-0.05020.55420.13030.44940.00360.1150.0167-0.1495-0.0069-0.1383-0.00410.10510.0033-0.0286-0.01310.0374-0.05870.0164-0.09527.518-6.2597.102
30.44470.00610.03130.4550.06780.4316-0.0256-0.069-0.02720.07270.0367-0.14030.04610.1465-0.0111-0.05510.0052-0.0202-0.0721-0.0007-0.090230.359-5.51839.257
40.4091-0.1311-0.09430.47560.08570.41610.00890.01950.0834-0.0361-0.00960.1519-0.0755-0.11890.0007-0.04760.0083-0.0077-0.08380.0079-0.0542-15.67519.54131.807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 716
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 716
3X-RAY DIFFRACTION3C36 - 716
4X-RAY DIFFRACTION4D36 - 716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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