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万見
- PDB-3eiv: Crystal Structure of Single-stranded DNA-binding protein from Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eiv
タイトルCrystal Structure of Single-stranded DNA-binding protein from Streptomyces coelicolor
要素Single-stranded DNA-binding protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Single-stranded DNA-binding protein / Streptomyces Coelicolor / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / enzyme activator activity / single-stranded DNA binding / DNA replication / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 分子置換 / 分子置換 / 解像度: 2.141 Å
データ登録者Luic, M. / Stefanic, Z. / Vujaklija, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the single-stranded DNA-binding protein from Streptomyces coelicolor.
著者: Stefanic, Z. / Vujaklija, D. / Luic, M.
履歴
登録2008年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein 2
B: Single-stranded DNA-binding protein 2
C: Single-stranded DNA-binding protein 2
D: Single-stranded DNA-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7024
ポリマ－79,7024
非ポリマー00
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9320 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
2
A: Single-stranded DNA-binding protein 2
B: Single-stranded DNA-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8512
ポリマ－39,8512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
3
C: Single-stranded DNA-binding protein 2
D: Single-stranded DNA-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8512
ポリマ－39,8512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.454, 104.788, 163.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-213-

HOH

21B-259-

HOH

31C-294-

HOH

41D-217-

HOH

51D-231-

HOH

詳細Biological unit is a tetramer. Biological unit is the same as asym. unit

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein 2 / SSB 2 / Helix-destabilizing protein 2


分子量: 19925.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces coelicolor (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9X8U3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM TRIS-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→32.2 Å / Num. all: 48150 / Num. obs: 31640 / % possible obs: 65.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.44 % / Biso Wilson estimate: 48.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.0739 / Net I/σ(I): 13.373
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 2.48 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 22946 / Num. unique all: 5720 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å32.2 Å
Translation2.5 Å32.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-3000データ収集
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X3E

1x3e


解像度: 2.141→31.182 Å / FOM work R set: 0.772 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2437 5.07 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 27266 99.73 %-
all-44287 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.116 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.21 Å2 / Biso mean: 46.76 Å2 / Biso min: 24.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.461 Å20 Å2-0 Å2
2--12.193 Å20 Å2
3----14.655 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.141→31.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3150 0 0 288 3438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.915

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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