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万見
- PDB-3eil: Structure of B-DNA d(CGTTAATTAACG)2 in the presence of Manganese -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eil
タイトルStructure of B-DNA d(CGTTAATTAACG)2 in the presence of Manganese
要素5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
キーワードDNA / B-DNA / Manganese
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Millonig, H. / Pous, J. / Campos, L.J. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2009
タイトル: The interaction of manganese ions with DNA
著者: Millonig, H. / Pous, J. / Gouyette, C. / Subirana, J.A. / Campos, J.L.
履歴
登録2008年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
B: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
C: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
D: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
E: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
F: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,35313
ポリマ－21,9686
非ポリマー3857
水61334
1
A: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
B: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4334
ポリマ－7,3232
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area4310 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
D: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4885
ポリマ－7,3232
非ポリマー1653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area4350 Å2
手法PISA
3
E: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
F: 5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4334
ポリマ－7,3232
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.795, 43.795, 98.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*DCP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DG)-3'


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized by using the phosphoramidite method
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25 mM Sodium Cacodylate, 10 mM Manganese, 25 mM spermine, 25 % MPD,0,1 mM DNA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2Manganese11
3spermine11
4MPD11
5Sodium Cacodylate12
6Manganese12
7MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97827 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→37.93 Å / Num. all: 6489 / Num. obs: 6461 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.59→2.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 463d

463d


解像度: 2.6→37.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 15.878 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.007 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28471 316 4.9 %RANDOM
Rwork0.23465 ---
obs0.23679 6146 99.57 %-
all-6489 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.34 Å22.17 Å20 Å2
2--4.34 Å20 Å2
3----6.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1362 7 34 1403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.39832340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.51131662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.63731524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.0614.52340
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.534 23 -
Rwork0.45 436 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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