[日本語] English
万見
- PDB-3ehq: Crystal Structure of Human Osteoclast Stimulating Factor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehq
タイトルCrystal Structure of Human Osteoclast Stimulating Factor
要素Osteoclast-stimulating factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta barrel / helix-turn-helix / SH3 / ankyrin repeat / ANK repeat / Cytoplasm / Phosphoprotein / Polymorphism / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ossification / SH3 domain binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat-containing domain / SH3 Domains / SH3 domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains ...Ankyrin repeat-containing domain / SH3 Domains / SH3 domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Roll / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Osteoclast-stimulating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Tong, S. / Zhou, H. / Gao, Y. / Zhu, Z. / Zhang, X. / Teng, M. / Niu, L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human osteoclast stimulating factor
著者: Tong, S. / Zhou, H. / Gao, Y. / Zhu, Z. / Zhang, X. / Teng, M. / Niu, L.
履歴
登録2008年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Osteoclast-stimulating factor 1
B: Osteoclast-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1134
ポリマ－49,9892
非ポリマー1242
水2,126118
1
A: Osteoclast-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0572
ポリマ－24,9951
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Osteoclast-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0572
ポリマ－24,9951
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.057, 56.860, 170.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Osteoclast-stimulating factor 1


分子量: 24994.631 Da / 分子数: 2 / 変異: F33I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSTF1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92882
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG20000, 0.1M MES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9794, 0.9798
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97981
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 15507 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / % possible all: 81.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.57→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 10.534 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.556 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28353 765 5 %RANDOM
Rwork0.21021 ---
obs0.21363 14582 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å20 Å20 Å2
2--4.28 Å20 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2797 0 8 118 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.9453881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3275361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.15625.115131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01815474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8381513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4851.51795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95722851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47131067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4334.51030
LS精密化 シェル解像度: 2.568→2.633 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 52 -
Rwork0.317 903 -
obs--87.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る