[日本語] English
万見
- PDB-3ehj: Crystal structure of DesKC-H188V in complex with AMP-PCP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehj
タイトルCrystal structure of DesKC-H188V in complex with AMP-PCP
要素Sensor kinase (YocF protein)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / GHL ATPase domain / Kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Albanesi, D. / Alzari, P.M. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural plasticity and catalysis regulation of a thermosensor histidine kinase
著者: Albanesi, D. / Martin, M. / Trajtenberg, F. / Mansilla, M.C. / Haouz, A. / Alzari, P.M. / de Mendoza, D. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2008年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor kinase (YocF protein)
B: Sensor kinase (YocF protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6726
ポリマ－50,5822
非ポリマー1,0914
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.300, 34.300, 131.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A180 - 242
2113B180 - 242
1123A245 - 367
2123B245 - 367

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Sensor kinase (YocF protein) / DesK histidine kinase


分子量: 25290.947 Da / 分子数: 2 / 断片: entire cytoplasmic region / 変異: H188V I183M I198M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yocF / プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG3350, CaCl2, bicine, ADP, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月16日 / 詳細: toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.8 Å / Num. obs: 19539 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45.298 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.86
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0053精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.82 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions atom record contains sum of TLS and residual B anisou record contains sum of TLS and residual U
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 973 5 %RANDOM
Rwork0.198 18503 --
obs0.2 19476 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.42 Å2 / Biso mean: 49.916 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å2-0.94 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 64 53 3385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.032.0014599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06935799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3275422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.63225.096157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.10115693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7451527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2041.52083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2451.5846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08123337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09231341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3234.51258
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1369TIGHT POSITIONAL0.070.05
1469LOOSE POSITIONAL0.075
1369TIGHT THERMAL0.240.5
1469LOOSE THERMAL0.6210
2698TIGHT POSITIONAL0.040.05
2828LOOSE POSITIONAL0.075
2698TIGHT THERMAL0.420.5
2828LOOSE THERMAL0.6710
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 69 -
Rwork0.236 1313 -
all-1382 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.18430.3426-1.48981.31920.02832.88830.1242-0.1446-0.15260.0407-0.04670.0774-0.07210.008-0.07740.14190.0229-0.0110.0579-0.00410.107120.411-0.53829.243
21.28460.37680.7673.9420.271610.0208-0.04390.1849-0.10040.24020.0148-0.25250.02720.26920.0290.25850.0024-0.00510.0302-0.01260.091425.61714.43851.538
34.1715-0.31584.9063.91240.1478.1878-0.12410.0890.1630.17910.047-0.2680.03070.3420.07720.02580.0137-0.00220.0254-0.01210.102310.438-14.5779.149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A163 - 242
2X-RAY DIFFRACTION1B156 - 242
3X-RAY DIFFRACTION2A243 - 368
4X-RAY DIFFRACTION3B243 - 369

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る