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- PDB-3ehh: Crystal structure of DesKC-H188V in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehh
タイトルCrystal structure of DesKC-H188V in complex with ADP
要素Sensor kinase (YocF protein)
キーワードTRANSFERASE / four-helix bundle / GHL ATPase domain / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Albanesi, D. / Alzari, P.M. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural plasticity and catalysis regulation of a thermosensor histidine kinase
著者: Albanesi, D. / Martin, M. / Trajtenberg, F. / Mansilla, M.C. / Haouz, A. / Alzari, P.M. / de Mendoza, D. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2008年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor kinase (YocF protein)
B: Sensor kinase (YocF protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5166
ポリマ－50,5822
非ポリマー9354
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.743, 124.050, 138.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A177 - 241
2114B177 - 241
1124A242 - 367
2124B242 - 367

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Sensor kinase (YocF protein) / DesK histidine kinase


分子量: 25290.947 Da / 分子数: 2 / 断片: entire cytoplasmic region / 変異: H188V I183M I198M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yocF / プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG3350, CaCl2, ADP, pH 9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793, 0.9795, 0.9756
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 / 詳細: Silicon toroidal mirror coated with Rhodium
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
30.97561
Reflection冗長度: 19.8 % / Av σ(I) over netI: 4.96 / 数: 222698 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.106 / D res high: 2.2 Å / Num. obs: 57283 / % possible obs: 97.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsRsym valueRedundancy
1041.3548376.30.0310.08316.2
610222998.70.0330.07920.4
562061990.0360.07221.4
45472898.60.0390.08221.5
341311798.30.0580.10721.9
2.83518397.50.1240.14422.1
2.62.8695097.60.1760.19622.3
2.52.6435199.90.240.28222.4
2.42.5504395.70.3180.31315.7
2.32.4600098.80.4410.37314.5
2.22.3713896.90.585
反射解像度: 2.097→41.345 Å / Num. all: 35284 / Num. obs: 35284 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 4.961
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.2114.50.3731.87285150070.37396.5
2.21-2.3515.70.31327481347680.31397.1
2.35-2.5122.40.2822.410057244950.28297.6
2.51-2.7122.30.1963.49386842170.19698
2.71-2.9722.10.1444.58667239140.14498.4
2.97-3.3221.90.10767854035790.10798.7
3.32-3.8321.50.0828.26857231840.08298.5
3.83-4.721.40.0729.25783827010.07298.8
4.7-6.6420.40.07984441021780.07999
6.64-41.3516.20.0836.22008712410.08395.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1002.619.98157922526
ISO_20.8370.8712.619.98157782514
ISO_30.86402.619.98156040
ANO_10.46402.619.98157460
ANO_20.45102.619.98157230
ANO_30.48502.619.98156040
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_110.11-19.980012294
ISO_17.66-10.1100310124
ISO_16.41-7.6600396132
ISO_15.63-6.4100484135
ISO_15.07-5.6300560137
ISO_14.66-5.0700626133
ISO_14.33-4.6600656132
ISO_14.06-4.3300750142
ISO_13.84-4.0600756121
ISO_13.65-3.8400842129
ISO_13.48-3.6500841122
ISO_13.34-3.4800910121
ISO_13.21-3.3400916112
ISO_13.1-3.2100965111
ISO_12.99-3.1001055133
ISO_12.9-2.99001052115
ISO_12.82-2.9001082125
ISO_12.74-2.82001138140
ISO_12.67-2.74001151124
ISO_12.6-2.67001180144
ANO_110.11-19.980.22501150
ANO_17.66-10.110.20403090
ANO_16.41-7.660.18503960
ANO_15.63-6.410.16604810
ANO_15.07-5.630.205600
ANO_14.66-5.070.25706240
ANO_14.33-4.660.27406560
ANO_14.06-4.330.31307450
ANO_13.84-4.060.34207550
ANO_13.65-3.840.38708380
ANO_13.48-3.650.4208400
ANO_13.34-3.480.46609060
ANO_13.21-3.340.52609160
ANO_13.1-3.210.59609610
ANO_12.99-3.10.685010530
ANO_12.9-2.990.735010520
ANO_12.82-2.90.767010770
ANO_12.74-2.820.814011380
ANO_12.67-2.740.875011510
ANO_12.6-2.670.869011730
ISO_210.11-19.980.8140.84611686
ISO_27.66-10.110.8370.855307124
ISO_26.41-7.660.8750.94395131
ISO_25.63-6.410.9330.955482134
ISO_25.07-5.630.9480.934560136
ISO_24.66-5.070.9210.922626133
ISO_24.33-4.660.8990.93656132
ISO_24.06-4.330.8950.931750142
ISO_23.84-4.060.90.903756121
ISO_23.65-3.840.9030.931842129
ISO_23.48-3.650.9090.93841122
ISO_23.34-3.480.8990.904909121
ISO_23.21-3.340.8890.908916112
ISO_23.1-3.210.8640.903965111
ISO_22.99-3.10.7930.8651055132
ISO_22.9-2.990.750.8631052115
ISO_22.82-2.90.7480.7541082125
ISO_22.74-2.820.6840.6811138140
ISO_22.67-2.740.6610.7041151124
ISO_22.6-2.670.6090.6211179144
ANO_210.11-19.980.39701020
ANO_27.66-10.110.32303040
ANO_26.41-7.660.28303950
ANO_25.63-6.410.26304820
ANO_25.07-5.630.29205560
ANO_24.66-5.070.34306240
ANO_24.33-4.660.35206560
ANO_24.06-4.330.37707480
ANO_23.84-4.060.37107560
ANO_23.65-3.840.43108400
ANO_23.48-3.650.4208380
ANO_23.34-3.480.42709050
ANO_23.21-3.340.46609150
ANO_23.1-3.210.50409620
ANO_22.99-3.10.584010550
ANO_22.9-2.990.605010520
ANO_22.82-2.90.659010740
ANO_22.74-2.820.695011350
ANO_22.67-2.740.767011500
ANO_22.6-2.670.793011740
ISO_310.11-19.980.860570
ISO_37.66-10.110.87802610
ISO_36.41-7.660.93603860
ISO_35.63-6.410.92604820
ISO_35.07-5.630.93405570
ISO_34.66-5.070.92406220
ISO_34.33-4.660.90906520
ISO_34.06-4.330.91807480
ISO_33.84-4.060.92207550
ISO_33.65-3.840.9108330
ISO_33.48-3.650.91608410
ISO_33.34-3.480.909040
ISO_33.21-3.340.89709130
ISO_33.1-3.210.85109610
ISO_32.99-3.10.811010510
ISO_32.9-2.990.789010510
ISO_32.82-2.90.789010740
ISO_32.74-2.820.733011370
ISO_32.67-2.740.716011500
ISO_32.6-2.670.683011690
ANO_310.11-19.980.3360570
ANO_37.66-10.110.29602610
ANO_36.41-7.660.31903860
ANO_35.63-6.410.3104820
ANO_35.07-5.630.32405570
ANO_34.66-5.070.43406220
ANO_34.33-4.660.41206520
ANO_34.06-4.330.44907480
ANO_33.84-4.060.45807550
ANO_33.65-3.840.46808330
ANO_33.48-3.650.48408410
ANO_33.34-3.480.50109040
ANO_33.21-3.340.53509130
ANO_33.1-3.210.57709610
ANO_32.99-3.10.647010510
ANO_32.9-2.990.652010510
ANO_32.82-2.90.699010740
ANO_32.74-2.820.739011370
ANO_32.67-2.740.799011500
ANO_32.6-2.670.811011690
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 21134
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.78-10075.10.733503
7.01-8.7869.70.776504
6.15-7.0171.40.788503
5.57-6.1567.50.798506
5.15-5.5759.70.826521
4.82-5.1561.10.852559
4.54-4.82600.877607
4.3-4.5456.70.87591
4.1-4.360.60.875675
3.93-4.157.20.874686
3.77-3.9360.80.875691
3.63-3.7758.40.873746
3.51-3.6359.50.861752
3.4-3.5159.20.864763
3.3-3.458.50.858830
3.2-3.363.90.847823
3.12-3.2630.858828
3.04-3.1265.70.839885
2.96-3.0464.50.85889
2.89-2.96650.842901
2.83-2.89670.83912
2.77-2.8371.70.835971
2.72-2.77680.807978
2.66-2.72710.839956
2.61-2.6672.60.834959
2.57-2.6168.30.7941060
2.5-2.5773.30.7361535

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
SHARP位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.099 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions atom record contains sum of TLS and residual B anisou record contains sum of TLS and residual U
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1756 5 %RANDOM
Rwork0.193 33403 --
obs0.195 35159 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 192.21 Å2 / Biso mean: 47.06 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 56 103 3180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7432.0064258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97335371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0425395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.32225.255137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.18515647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0211523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.5979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2321.5402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7821575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8113582
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8154.5520
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1883MEDIUM POSITIONAL0.310.5
1883MEDIUM THERMAL1.542
21554MEDIUM POSITIONAL0.250.5
21554MEDIUM THERMAL1.862
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 124 -
Rwork0.224 2372 -
all-2496 -
obs--94.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22960.53481.16455.8095-0.78064.10410.0084-0.0145-0.2861-0.040.12110.02470.46060.0688-0.12950.08260.01920.00190.20560.04920.048916.81945.9846.887
27.50980.4171-0.97581.6417-3.641810.4314-0.06110.3461-0.17240.0270.07120.10470.4873-0.3138-0.010.1281-0.03450.05610.22460.05960.0642.56958.63225.486
34.17280.6263.05551.54061.673310.44330.08090.1929-0.1339-0.09810.0921-0.03910.0790.0401-0.1730.0117-0.0043-0.0020.1029-0.01440.005932.00154.16670.22
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A174 - 241
2X-RAY DIFFRACTION1B174 - 241
3X-RAY DIFFRACTION2A242 - 367
4X-RAY DIFFRACTION3B242 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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