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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eh5 | ||||||
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タイトル | Structure of the reduced form of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BA3 OXIDASE / HEME / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / COPPER / ELECTRON TRANSPORT / HYDROGEN ION TRANSPORT / ION TRANSPORT / IRON / METAL-BINDING / RESPIRATORY CHAIN / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / FORMYLATION / Cell membrane / Membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / : / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, B. / Chen, Y. / Doukov, T. / Soltis, S.M. / Stout, D. / Fee, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Combined microspectrophotometric and crystallographic examination of chemically reduced and X-ray radiation-reduced forms of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus: structure ...タイトル: Combined microspectrophotometric and crystallographic examination of chemically reduced and X-ray radiation-reduced forms of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus: structure of the reduced form of the enzyme. 著者: Liu, B. / Chen, Y. / Doukov, T. / Soltis, S.M. / Stout, C.D. / Fee, J.A. #1: ![]() タイトル: An unexpected outcome of surface engineering an integral membrane protein: improved crystallization of cytochrome ba(3) from Thermus thermophilus 著者: Liu, B. / Luna, M. / Chen, Y. / Stout, D. / Fee, J.A. #2: ![]() タイトル: A novel cryoprotection scheme for enhancing the diffraction of crystals of recombinant cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus 著者: Hunsicker-Wang, L.M. / Pacoma, R.L. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 68987.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-562 / 変異: K258R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18349.990 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-168 / 変異: E4Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 5分子 C![](data/chem/img/BNG.gif)
![](data/chem/img/BNG.gif)
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3638.407 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-34 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#7: 糖 | ChemComp-BNG / |
-非ポリマー , 5種, 87分子 ![](data/chem/img/CU1.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
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![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HAS.gif)
![](data/chem/img/CUA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
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#5: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / |
#8: 化合物 | ChemComp-CUA / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Peg 2000, Bis-tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC Quantum-315R CCD / 検出器: Q315R / 日付: 2007年7月27日 詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing). |
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 33534 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XME 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 27.09 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.502 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.42 Å / Origin y: 22.384 Å / Origin z: -0.441 Å
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精密化 TLSグループ |
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