PDB-3egn: C-terminal RNA Recognition Motif of the U11/U12 65K Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3egn

タイトル

C-terminal RNA Recognition Motif of the U11/U12 65K Protein

要素

RNA-binding protein 40

キーワード

SPLICING / RNA recognition motif (RRM) / RNP motif / U11/U12-65K protein / U11/U12 di-snRNP / U1A protein / U2B protein / minor spliceosomal protein / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Spliceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

U12 snRNA binding / U12-type spliceosomal complex / mRNA Splicing - Minor Pathway / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Netter, C. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: Functional stabilization of an RNA recognition motif by a noncanonical N-terminal expansion
著者: Netter, C. / Weber, G. / Benecke, H. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2008年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3egn.cif.gz	39.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3egn.ent.gz	26.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3egn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3egn_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3egn_full_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示
XML形式データ	3egn_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	3egn_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/3egn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/3egn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1urnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q2v-1 7cto-5 5btw-1 4chj-d 7cto-3 7cto-1 6amr-d 1oal-d 1ibb-d 2cy4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-binding protein 40

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.973, 33.499, 49.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-18- HOH

#1: タンパク質	RNA-binding protein 40 / RNA-binding motif protein 40 / RNA-binding region-containing protein 3 / U11/U12 small nuclear ...RNA-binding motif protein 40 / RNA-binding region-containing protein 3 / U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 65 KDa protein / U11/U12 snRNP 65 KDa protein / U11/U12-65K 分子量: 16425.980 Da / 分子数: 1 / 断片: 65K c-terminal RRM, UNP residues 380-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U11/U12 snRNP 65K / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q96LT9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

RNA-binding protein 40 / RNA-binding motif protein 40 / RNA-binding region-containing protein 3 / U11/U12 small nuclear ...

分子量: 16425.980 Da / 分子数: 1 / 断片: 65K c-terminal RRM, UNP residues 380-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U11/U12 snRNP 65K / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q96LT9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M LiCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 5304 / Num. obs: 5299 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 33.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 527 / R_sym value: 0.563 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1URN

1urn

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.08 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.779 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23619	563	10.7 %	RANDOM
R_work	0.19426	4720	-	-
obs	0.19879	5283	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.404 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	0 Å²	0.17 Å²
2-	-	-1.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.184 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	976	0	0	84	1060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.18	1.977	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.254	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.815	22.449	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.207	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.811	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.402	1.5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.654	2	966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.118	3	420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.896	4.5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.498→2.562 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	45	-
R_work	0.252	342	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8028	-1.2681	-0.2583	5.1376	-0.3413	4.3908	-0.0935	-0.1832	-0.167	0.3726	0.1863	0.0915	0.1932	-0.0547	-0.0927	0.0725	-0.0237	-0.01	0.0775	0.0082	0.0866	21.058	-24.556	-14.878
2	6.966	2.0592	-1.2139	6.3465	0.8166	5.6115	0.2177	0.0581	0.0727	-0.1148	-0.1153	0.1345	-0.3478	-0.1468	-0.1024	0.0862	0.0202	-0.0148	0.1059	0.0056	0.0468	14.92	-13.936	-18.895
3	4.3938	-2.3198	-1.7152	5.3613	1.5676	6.0071	-0.1795	-0.2641	-0.0023	0.3666	0.2046	0.2321	-0.184	-0.1982	-0.0252	0.0651	0.037	-0.0291	0.0959	0.0277	0.0744	17.578	-18.655	-12.458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	387 - 436
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	437 - 467
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	468 - 506

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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