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- PDB-3efv: Crystal Structure of a Putative Succinate-Semialdehyde Dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efv
タイトルCrystal Structure of a Putative Succinate-Semialdehyde Dehydrogenase from Salmonella typhimurium LT2 with bound NAD
要素Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / putative succinate-semialdehyde dehydrogenase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Succinate-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structure and activity of the NAD(P)(+) -dependent succinate semialdehyde dehydrogenase YneI from Salmonella typhimurium.
著者: Zheng, H. / Beliavsky, A. / Tchigvintsev, A. / Brunzelle, J.S. / Brown, G. / Flick, R. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Mahadevan, R. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2008年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32012年12月19日Group: Database references
改定 1.42013年6月12日Group: Database references
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
B: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
C: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
D: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,5158
ポリマ－198,8614
非ポリマー2,6544
水41,7952320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18260 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area59770 Å2
手法PISA
2
A: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
B: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7574
ポリマ－99,4312
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area32030 Å2
手法PISA
3
C: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
D: Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7574
ポリマ－99,4312
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.826, 133.826, 245.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Putative succinate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 49715.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: yneI, STM1524 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8ZPI3, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.42 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 2M Na Formate, 0.1M Na Acetate pH4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日 / 詳細: BE LENES
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 189522 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 5.73 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.11 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 10062 5 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.16 189522 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13615 0 176 2320 16111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02214263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.96319443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.851872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.94624.454595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.213152229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1081587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.27103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.29994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.21885
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0091.59496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.325214617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64635466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0714.54826
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 725 -
Rwork0.173 13819 -
obs--99.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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