PDB-3efs: Biotin protein ligase from Aquifex aeolicus in complex with bioti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3efs

タイトル

Biotin protein ligase from Aquifex aeolicus in complex with biotin and ATP

要素

Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase

キーワード

LIGASE / BPL ATP BIOTIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tron, C.M. / McNae, I.W. / Walkinshaw, M.D. / Baxter, R.L. / Campopiano, D.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional studies of the biotin protein ligase from Aquifex aeolicus reveal a critical role for a conserved residue in target specificity.
著者: Tron, C.M. / McNae, I.W. / Nutley, M. / Clarke, D.J. / Cooper, A. / Walkinshaw, M.D. / Baxter, R.L. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2008年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3efs_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3efs_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	3efs_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	3efrC 3fjpC 1wpyS 2dto 2eay S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3efr-2 3efr-1 3qy7-d 5xnk-d 4b6g-2 1x8m-6 3ajg-1 3ajh-2 1bf6-2 1k77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase

B: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase

ヘテロ分子

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.225, 81.695, 143.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase / Biotin Protein Ligase 分子量: 26751.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: O66837, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₃S
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 0.2M Ammonium Sulphate, 15% MPEG 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.284 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.284 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.618 Å / Num. obs: 22163 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.13 Å² / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3166 / R_sym value: 0.423 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WPY

1wpy

解像度: 2.3→39.618 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS was used in refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	1135	5.12 %	RANDOM'
R_work	0.23	21028	-	-
obs	0.232	21993	99.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.623 Å² / k_sol: 0.367 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.07 Å² / B_iso mean: 44.491 Å² / B_iso min: 10.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.046 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.574 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.335 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.618 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3754	0	109	187	4050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.688	5272
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.414	1530

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.405	0.293	126	0.242	2585	2711	99
2.405-2.532	0.337	139	0.264	2566	2705	99
2.532-2.69	0.315	141	0.278	2567	2708	99
2.69-2.898	0.31	137	0.261	2600	2737	99
2.898-3.189	0.274	157	0.252	2600	2757	99
3.189-3.651	0.229	140	0.202	2630	2770	100
3.651-4.598	0.218	163	0.196	2659	2822	100
4.598-39.624	0.247	132	0.214	2821	2953	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8948	0.8579	-0.6366	1.2075	-0.7555	2.4574	0.3005	-0.3558	0.2393	1.0392	-0.3431	0.1868	0.4244	0.2904	0.1745	0.4381	-0.0103	0.0328	0.2067	-0.0751	0.1755	-12.4395	-5.9131	30.2869
2	2.2245	0.5624	-0.1266	1.6582	-0.2698	2.8881	0.3585	-0.2936	0.3139	-0.102	-0.3181	0.5574	-0.5338	0.125	0.1857	0.3298	0.0969	-0.0974	0.2327	-0.037	0.1993	-12.0567	-2.2331	24.3709
3	1.9653	-0.7937	-1.9392	1.28	1.7492	1.991	0.0533	-0.2837	0.1421	-0.1279	0.1663	-0.0027	-0.2868	0.065	0.3938	0.0944	0.0319	-0.0318	0.0651	0.0263	0.1443	-3.0052	-12.3429	21.109
4	8.1696	2.5935	-3.3514	1.8366	-1.0145	1.8544	-0.2619	0.2375	-0.5836	-0.1947	-0.0172	-0.2564	0.3001	-0.225	-0.1815	0.1443	0.0138	-0.0053	0.0979	-0.0259	0.1709	-10.3457	-17.4946	13.9857
5	1.0915	-0.553	-0.3807	0.6494	-0.4446	0.7103	0.1572	0.1193	-0.2812	-0.059	-0.0808	-0.0114	0.2046	0.1162	-0.0519	0.1406	0.0349	0.0215	0.1655	-0.0337	0.0911	-15.2673	-11.9277	10.986
6	9.0901	-1.4523	0.2124	0.8999	0.1759	1.3504	0.3374	-0.0541	1.2291	0.0425	-0.1101	-0.125	-0.3135	0.1524	-0.0974	0.1285	-0.0011	0.0571	0.0723	-0.0257	0.1008	-9.0731	-7.6371	22.0202
7	2.2573	0.1417	0.5896	0.6762	1.839	3.4303	-0.1663	-0.1779	0.4117	0.0814	0.0563	0.0173	-0.3661	-0.6003	-0.0672	0.1337	0.065	0.0417	0.2206	0.0289	0.2727	-25.7033	-8.2518	16.6852
8	1.1635	0.0256	-0.2297	0.3219	1.1415	3.4701	-0.0887	-0.0136	-0.1244	-0.1424	0.2058	-0.0512	0.3422	-0.0537	-0.0097	0.3966	0.0744	0.0297	0.1167	-0.0273	0.1556	-6.7207	-17.3783	7.2518
9	0.5985	-0.7045	-0.453	3.0894	-4.7169	9.701	-0.3087	-0.1992	0.0978	-0.158	-0.2033	-0.4388	0.5322	0.811	-0.368	0.3419	0.1171	0.0647	0.0974	-0.0532	0.1372	-1.5745	-14.7058	-3.9191
10	0.8724	-1.807	1.1241	4.4175	2.5611	3.4267	0.0542	0.6166	0.9417	0.0686	0.3777	-0.7964	0.1976	0.5061	0.262	0.3201	-0.0227	-0.0146	0.0406	0.0795	0.1814	-3.5406	-7.8502	-0.438
11	1.6744	-0.4369	0.8284	0.4272	-0.1885	2.7846	-0.2542	0.2751	-0.2748	-0.2625	-0.0441	0.3572	-0.4215	0.0621	0.145	0.3734	0.0795	-0.0425	0.2375	0.0116	0.1397	-12.8684	5.4803	-29.383
12	2.2566	-0.5708	0.4056	1.8577	0.7877	3.3734	0.0607	-0.0587	-0.1474	-0.3927	-0.4912	0.1217	0.3918	0.5365	0.1618	0.1782	0.0564	0.0514	0.2934	0.0674	0.1018	-11.545	2.2842	-23.3806
13	1.2826	-0.8183	-3.0429	1.1957	-0.6417	6.5337	0.2291	-0.488	0.2861	-0.3061	-0.0729	0.0279	-0.8593	1.1659	-0.8088	0.1188	-0.0341	0.0976	0.2011	0.0196	0.1731	-6.8107	14.5048	-21.0905
14	3.4896	0.154	1.9433	1.7312	0.9527	0.9977	0.0638	-0.618	-0.0156	-0.3841	0.1119	0.0481	-0.3848	0.0932	-0.1879	0.1799	-0.0844	0.0425	0.1818	-0.0316	0.1249	-14.4531	17.4578	-13.2278
15	1.4594	0.6888	0.3026	1.8406	0.0505	1.7744	0.2917	-0.2858	0.1577	0.3412	-0.1095	-0.123	-0.0997	0.1792	-0.0817	0.1506	-0.0366	-0.0437	0.1119	-0.0078	0.0984	-15.8779	10.6587	-13.0735
16	2.422	0.5902	0.478	1.2352	2.1185	4.2046	0.2131	0.0415	-0.0687	-0.2405	-0.1748	0.1609	0.7258	-0.5434	-0.0505	0.1806	-0.0394	-0.0172	0.2153	-0.0163	0.1981	-26.3241	5.6349	-17.1431
17	2.168	-1.2859	0.2028	-1.3569	2.1392	2.9903	0.2531	0.0533	0.8731	-0.3053	0.2634	-0.2059	-0.7761	-0.0087	-0.0338	0.3668	-0.0572	0.0426	0.2095	0.0201	0.2871	-12.8646	23.7964	-11.2298
18	0.7971	-0.2896	-0.2924	-0.2173	-0.0187	1.3675	-0.2589	0.5614	-0.3106	-0.1555	-0.0688	0.3046	1.0926	-0.468	-0.0089	0.4989	0.056	0.0569	0.1101	0.0457	0.359	-9.3911	8.8302	5.6589
19	0.8201	1.0463	0.4727	1.2931	0.1977	1.4328	0.1127	-0.1015	-0.3388	0.4491	-0.0204	-0.5486	-0.5199	0.39	-0.0259	0.1328	-0.0363	-0.0385	0.1186	-0.0612	0.1826	-7.5084	18.1453	4.9732
20	-1.6624	-0.1544	0.6958	2.8589	1.837	6.3641	0.4288	0.1157	-0.2105	-0.2763	0.5276	-0.4063	0.2909	0.8527	0.3677	0.1366	0.0701	-0.0407	0.02	0.0225	0.3386	-7.1784	10.9244	1.7369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 19:51)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 52:67)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 68:81)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 82:112)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 113:125)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 126:157)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 158:202)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 203:218)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 219:233)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 2:18)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 19:50)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 51:66)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 67:81)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 82:123)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 124:160)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 161:186)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 187:202)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 203:218)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 219:233)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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