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- PDB-3efr: Biotin protein ligase R40G mutant from Aquifex aeolicus in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efr
タイトルBiotin protein ligase R40G mutant from Aquifex aeolicus in complex with biotin
要素Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Protein biotin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / protein modification process / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) ...Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ビオチン / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Tron, C.M. / McNae, I.W. / Walkinshaw, M.D. / Baxter, R.L. / Campopiano, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional studies of the biotin protein ligase from Aquifex aeolicus reveal a critical role for a conserved residue in target specificity.
著者: Tron, C.M. / McNae, I.W. / Nutley, M. / Clarke, D.J. / Cooper, A. / Walkinshaw, M.D. / Baxter, R.L. / Campopiano, D.J.
履歴
登録2008年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase
B: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1758
ポリマ－53,3022
非ポリマー8736
水1,31573
1
A: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1835
ポリマ－26,6511
非ポリマー5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9913
ポリマ－26,6511
非ポリマー3402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.251, 79.928, 140.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Biotin [acetyl-CoA-carboxylase] ligase / Biotin Protein Ligase


分子量: 26650.953 Da / 分子数: 2 / 変異: R40G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O66837, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 0.2M Ammonium Sulphate, 15% MPEG 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→28.841 Å / Num. obs: 13851 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 45.53 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1869 / Rsym value: 0.639 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WPY

1wpy


解像度: 2.55→28.841 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.49 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 687 4.97 %RANDOM
Rwork0.235 13133 --
obs0.237 13820 87.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.961 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 122.64 Å2 / Biso mean: 47.349 Å2 / Biso min: 17.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.175 Å20 Å20 Å2
2--0.156 Å20 Å2
3----0.331 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.378 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→28.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3749 0 52 73 3874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.715169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6441499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5501-2.74680.40571220.30852444X-RAY DIFFRACTION83
2.7468-3.0230.35241360.28422442X-RAY DIFFRACTION84
3.023-3.45980.27611280.24772489X-RAY DIFFRACTION83
3.4598-4.35650.2561480.20412680X-RAY DIFFRACTION90
4.3565-28.84240.27291530.2173078X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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