PDB-3efe: The crystal structure of the thiJ/pfpI family protein from Bacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3efe

タイトル

The crystal structure of the thiJ/pfpI family protein from Bacillus anthracis

要素

ThiJ/pfpI family protein

キーワード

CHAPERONE / thiJ/pfpI family protein / Bacillus anthracis / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Glutamine amidotransferase / ThiJ/pfpI family protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the thiJ/pfpI family protein from Bacillus anthracis
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3efe.cif.gz	250.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3efe.ent.gz	204.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3efe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3efe_validation.pdf.gz	493.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3efe_full_validation.pdf.gz	546.9 KB	表示
XML形式データ	3efe_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	3efe_validation.cif.gz	72.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5vdp-1 3qz9-2 4lkv-1 3gri-2 5vdu-2 5vdq-1 5vdo-1 6maz-3 5v0w-3 6o47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01712

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ThiJ/pfpI family protein

B: ThiJ/pfpI family protein

C: ThiJ/pfpI family protein

D: ThiJ/pfpI family protein

E: ThiJ/pfpI family protein

F: ThiJ/pfpI family protein

ヘテロ分子

143 kDa, 6 ポリマー
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1

A: ThiJ/pfpI family protein

D: ThiJ/pfpI family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ThiJ/pfpI family protein

C: ThiJ/pfpI family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ThiJ/pfpI family protein

F: ThiJ/pfpI family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.129, 91.530, 167.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ThiJ/pfpI family protein 分子量: 23783.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2475, BA_2657, GBAA2657 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81PY3, UniProt: A0A6H3AJL8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE TARGET ID IDP01712 DOES NOT EXIST IN TARGETDB AT THE TIME OF PROCESSING.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Heoes, 0.2M NH4(OAC0), 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→83.62 Å / Num. all: 55865 / Num. obs: 54826 / % possible obs: 98.14 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 39 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.359 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique all: 4303 / % possible all: 83.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→83.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 16.854 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23661	2925	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19005	-	-	-
obs	0.19244	54826	98.14 %	-
all	-	55865	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→83.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9842	0	5	244	10091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	10052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.063	1.972	13609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.209	3	16575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.822	5	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.981	25.182	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.976	15	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.91	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	7189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	5018
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.214	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.284	1.5	7933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.223	1.5	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.598	2	10014
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.581	3	4541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.677	4.5	3595

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	187	-
R_work	0.282	3397	-
obs	-	3584	83.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 83.497 Å / Origin y: 3.89 Å / Origin z: 25.68 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1676 Å²	-0.0208 Å²	0.0292 Å²	-	0.0689 Å²	-0.05 Å²	-	-	-0.2033 Å²
L	0.2354 °²	-0.0255 °²	0.0075 °²	-	0.3992 °²	-0.0829 °²	-	-	0.4166 °²
S	-0.0422 Å °	-0.0056 Å °	0.0637 Å °	0.04 Å °	-0.0236 Å °	0.1128 Å °	0.096 Å °	-0.0351 Å °	0.0658 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	-1 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	4 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	3 - 210
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	3 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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