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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3efc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of YaeT periplasmic domain | ||||||
要素 | Outer membrane protein assembly factor yaeT | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / POTRA fold / Cell membrane (細胞膜) / Cell outer membrane / Membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 細胞接着 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Gatzeva-Topalova, P.Z. / Walton, T.A. / Sousa, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of YaeT: conformational flexibility and substrate recognition. 著者: Gatzeva-Topalova, P.Z. / Walton, T.A. / Sousa, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3efc.cif.gz | 76.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3efc.ent.gz | 56.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3efc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44187.598 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic domain (UNP residues 21-410) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P0A940 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.3-1.6M (NH4)2SO4, 3-6% polyethylene glycol 400, 10% Dioxane, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 11035 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1069 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.3→47.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 95.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.5 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.45 Å /
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