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- PDB-3efb: Crystal Structure of Probable sor Operon Regulator from Shigella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efb
タイトルCrystal Structure of Probable sor Operon Regulator from Shigella flexneri
要素Probable sor-operon regulator
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-beta-alpha sandwich / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / carbohydrate binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / ArsR-like helix-turn-helix domain / NagB/RpiA transferase-like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / Homeobox-like domain superfamily / Rossmann fold ...Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / ArsR-like helix-turn-helix domain / NagB/RpiA transferase-like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / Homeobox-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Probable sor-operon regulator / Probable sor-operon regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Kim, Y. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Probable sor Operon Regulator from Shigella flexneri
著者: Kim, Y. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable sor-operon regulator
B: Probable sor-operon regulator
C: Probable sor-operon regulator
D: Probable sor-operon regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0855
ポリマ－118,0254
非ポリマー601
水8,989499
1
A: Probable sor-operon regulator
D: Probable sor-operon regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0132
ポリマ－59,0132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
2
B: Probable sor-operon regulator
C: Probable sor-operon regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0733
ポリマ－59,0132
非ポリマー601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.536, 238.463, 53.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Probable sor-operon regulator


分子量: 29506.320 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 51-315 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
株: 2457T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q83PA8, UniProt: A0A0H2V3A6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE TARGET ID IDP01531 DOES NOT EXIST IN TARGETDB AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M calsium acetate, 9% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793, 0.9795
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
反射解像度: 2→33.38 Å / Num. all: 61178 / Num. obs: 61178 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1528 / % possible all: 49.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine)/refmac5.5精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.001→33.378 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: Refmac 5.5 was also used for refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3090 5.06 %random
Rwork0.2 ---
all0.203 61074 --
obs0.203 61074 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.801 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3522 Å2-0 Å20 Å2
2---3.8133 Å2-0 Å2
3---13.1655 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7409 0 4 499 7912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.37
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0011-2.03230.32321310.25772401X-RAY DIFFRACTION93
2.0323-2.06560.30731460.23832584X-RAY DIFFRACTION99
2.0656-2.10130.27871480.23782608X-RAY DIFFRACTION100
2.1013-2.13950.31991420.22852575X-RAY DIFFRACTION100
2.1395-2.18060.29521390.22862604X-RAY DIFFRACTION100
2.1806-2.22510.28421260.22072631X-RAY DIFFRACTION100
2.2251-2.27350.29541240.2162613X-RAY DIFFRACTION100
2.2735-2.32630.26581390.21152667X-RAY DIFFRACTION100
2.3263-2.38450.26591370.19342592X-RAY DIFFRACTION100
2.3845-2.4490.25071420.20052655X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.5210.25191390.19162599X-RAY DIFFRACTION100
2.521-2.60230.26471410.19832630X-RAY DIFFRACTION100
2.6023-2.69530.27961360.20312666X-RAY DIFFRACTION100
2.6953-2.80320.26211330.20952625X-RAY DIFFRACTION100
2.8032-2.93070.28281500.22752660X-RAY DIFFRACTION100
2.9307-3.08510.29281410.222629X-RAY DIFFRACTION100
3.0851-3.27820.26561540.21542648X-RAY DIFFRACTION100
3.2782-3.53110.22371240.18082702X-RAY DIFFRACTION100
3.5311-3.88590.17481420.15822683X-RAY DIFFRACTION100
3.8859-4.44710.17961590.14682689X-RAY DIFFRACTION100
4.4471-5.59860.2241420.16272726X-RAY DIFFRACTION100
5.5986-33.38250.27141550.21472797X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83870.11630.03882.6509-0.19431.4079-0.0638-0.01410.0449-0.1243-0.04550.64470.0286-0.07150.12410.25420.0071-0.03440.1052-0.05540.2518-21.400215.759214.5412
21.53340.08310.14582.1254-0.2840.4847-0.010.10780.0496-0.30640.02410.1622-0.06850.0799-0.01680.37190.0067-0.04420.13840.05550.088830.315145.631330.9488
30.70360.3465-0.15122.8145-0.2961.1909-0.1043-0.04660.0876-0.04330.15940.62980.119-0.0304-0.03570.28080.01580.01160.15710.05540.255916.132715.231141.241
41.02520.7521-0.11432.3457-0.09590.88070.00580.11190.1363-0.5802-0.0460.3675-0.05080.11030.03570.53560.0214-0.130.14290.05050.171-4.24144.83262.9805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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