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万見
- PDB-3ef6: Crystal structure of Toluene 2,3-Dioxygenase Reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ef6
タイトルCrystal structure of Toluene 2,3-Dioxygenase Reductase
要素Toluene 1,2-dioxygenase system ferredoxin--NAD(+) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD binding protein / NADH binding protein / Aromatic hydrocarbons catabolism / FAD / Flavoprotein / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NAD+ reductase / ferredoxin-NAD+ reductase activity / toluene catabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Toluene 1,2-dioxygenase system ferredoxin--NAD(+) reductase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Friemann, R. / Lee, K. / Brown, E.N. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of the multicomponent Rieske non-heme iron toluene 2,3-dioxygenase enzyme system
著者: Friemann, R. / Lee, K. / Brown, E.N. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the three components of the toluene 2,3-dioxygenase enzyme system
著者: Lee, K. / Friemann, R. / Parales, J.V. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene 1,2-dioxygenase system ferredoxin--NAD(+) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,60611
ポリマ－42,9841
非ポリマー1,62210
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.128, 77.128, 156.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4135-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Toluene 1,2-dioxygenase system ferredoxin--NAD(+) reductase


分子量: 42983.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Escherichia coli CGSC#7692 (pDTG601A) contain the cloned todC1C2BA genes that encode the Oxygenase, Ferredoxin and Reductase parts of the Toluene 2,3-Dioxygenase System
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: F1 / 遺伝子: Pput_2878, todA, todC1C2BA / プラスミド: pDTG601A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CGSC#7692 / 参照: UniProt: A5W4E9, ferredoxin-NAD+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1.5 M (NH)4SO 2 and 12% (v/v) glycerol, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月21日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.86 Å / Num. obs: 44352 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.24 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.92 / Scaling rejects: 3098
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.04 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured all: 29700 / Num. unique all: 4216 / Χ2: 1.08 / % possible all: 96.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.583 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.206
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å31.6 Å
Translation3 Å31.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1Lデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry: 1D7Y including all side chains

1d7y


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.841 / SU B: 2.762 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2229 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.205 44198 --
obs0.205 44198 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.91 Å2 / Biso mean: 28.002 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2940 0 105 465 3510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5212.0054293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6225415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3122.683123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77915492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7761534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.22136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.52066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29923218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07131291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3894.51075
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 140 -
Rwork0.254 3026 -
all-3166 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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