PDB-3edv: Crystal Structure of Repeats 14-16 of Beta2-Spectrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3edv

タイトル

Crystal Structure of Repeats 14-16 of Beta2-Spectrin

要素

Spectrin beta chain, brain 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / spectrin repeat / coiled coil / Actin capping / Actin-binding / Alternative splicing / Calmodulin-binding / Cytoplasm / Cytoskeleton / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of SMAD protein signal transduction / membrane assembly / central nervous system formation / cuticular plate / spectrin / spectrin-associated cytoskeleton / plasma membrane organization / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament capping / M band ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Michaely, P. / Tomchick, D.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Localization and Structure of the Ankyrin-binding Site on beta2-Spectrin
著者: Davis, L. / Abdi, K. / Machius, M. / Brautigam, C. / Tomchick, D.R. / Bennett, V. / Michaely, P.

履歴

登録	2008年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3edv.cif.gz	161.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3edv.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3edv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3edv_validation.pdf.gz	401.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3edv_full_validation.pdf.gz	403.3 KB	表示
XML形式データ	3edv_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	3edv_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wpc-d 5c1f-d 4wpe-1 3qwe-1 2ocy-d 6vfw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
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電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
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SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
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アクチン (Actin)
類似性 (1)
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インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spectrin beta chain, brain 1

B: Spectrin beta chain, brain 1

ヘテロ分子

76.3 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Spectrin beta chain, brain 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Spectrin beta chain, brain 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.335, 56.415, 261.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Spectrin beta chain, brain 1 / Spectrin / non-erythroid beta chain 1 / Beta-II spectrin / Fodrin beta chain 分子量: 37981.582 Da / 分子数: 2 / 断片: Spectrin repeats 14-16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTBN1, SPTB2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q01082
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M TrisHCl, 14% PEG4000, 0.3M Magnesium Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射	モノクロメーター: sagitally focused Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→43.6 Å / Num. all: 55069 / Num. obs: 55069 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046
反射シェル	解像度: 1.95→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / R_sym value: 0.682 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.951→28.634 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	2788	5.07 %
R_work	0.1919	-	-
obs	0.195	54958	97.22 %
all	-	52170	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.631 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4847 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0548 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5395 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→28.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5474	0	13	699	6186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5621
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	7587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.953	2163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.951-1.9847	0.3285	111	0.2402	2241	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9847-2.0207	0.2695	115	0.2261	2372	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0207-2.0596	0.2767	111	0.2152	2463	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0596-2.1016	0.2505	135	0.2058	2450	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1016-2.1473	0.2853	124	0.1931	2520	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1473-2.1972	0.2401	147	0.1811	2561	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1972-2.2522	0.2324	129	0.1807	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2522-2.313	0.2383	146	0.1817	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.313-2.3811	0.2257	135	0.1879	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3811-2.4579	0.2388	136	0.1935	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4579-2.5457	0.2705	137	0.1851	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5457-2.6475	0.2542	165	0.1834	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6475-2.7679	0.2253	130	0.1821	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7679-2.9137	0.2926	147	0.2031	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9137-3.0961	0.2904	135	0.2062	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0961-3.3348	0.253	148	0.2097	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3348-3.6698	0.2574	183	0.1726	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6698-4.1994	0.2267	143	0.163	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1994-5.2854	0.224	153	0.1638	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2854-28.6368	0.2401	158	0.2221	2844	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2912	0.6967	0.2615	1.4909	1.0142	0.8988	0.0661	0.3015	0.0222	0.0585	0.2775	-0.3511	0.2001	0.3389	-0.1899	0.3259	-0.0399	-0.0595	0.3279	-0.0606	0.2798	35.9609	9.3181	19.5136
2	0.8996	-0.9015	-0.0251	1.161	-0.0051	0.4264	0.097	0.1953	0.1353	-0.1773	-0.2944	0.2271	0.0954	-0.4829	0.0902	0.2866	-0.121	-0.0227	0.3529	-0.0635	0.2609	25.8492	6.6351	15.3637
3	0.764	-0.0305	-0.2625	0.8665	0.6156	1.7775	0.2024	0.2168	-0.448	0.4354	0.4467	-0.8773	0.4766	0.4069	-0.6793	0.1827	0.0208	-0.1126	0.164	-0.1146	0.3569	43.2946	40.1966	55.2105
4	1.8435	0.5963	1.2362	0.2226	1.745	1.7751	0.234	-0.073	0.0125	0.1943	-0.2354	0.2627	0.176	-0.1665	-0.0285	0.2435	-0.0918	-0.0126	0.2158	-0.0214	0.1932	34.8417	39.2758	53.3738
5	-0.7236	-1.4711	-0.4043	1.2411	1.4772	1.2814	0.0161	0.171	-0.0504	0.2048	0.1181	-0.2977	0.1164	0.0293	-0.0588	0.094	-0.017	0.0557	0.2078	-0.0592	0.184	43.0998	69.1468	71.4249
6	1.1527	-0.1498	-0.0533	1.9476	0.9662	0.958	0.0099	0.0523	0.0682	-0.1278	0.054	-0.2138	-0.0187	-0.0101	-0.0573	0.105	0.0009	0.0341	0.0681	0.0093	0.0734	40.3539	85.889	77.0513
7	0.518	-0.0069	0.7536	0.8601	0.5924	0.8375	-0.1049	-0.0886	0.0806	0.3987	0.0663	0.2548	0.0112	-0.1872	0.0474	0.163	0.0149	0.0327	0.1583	-0.0034	0.1539	39.0596	91.6397	84.4033
8	1.9561	0.799	1.9356	3.0414	0.2582	2.7729	-0.1001	-0.1784	0.0135	1.0663	-0.2697	-1.74	-0.1868	1.2425	-0.0757	0.4086	-0.105	-0.2409	0.3495	0.0021	0.2502	33.3959	60.4218	50.1175
9	0.552	1.4684	0.1172	0.0693	0.5145	1.4363	-0.0231	0.4413	-0.282	-0.3333	0.4094	-0.4237	-0.3348	0.4119	-0.1793	0.2156	0.0184	0.0759	0.4947	-0.1451	0.2519	35.2651	47.2998	20.6163
10	1.8553	0.6357	0.2218	0.7692	-0.0256	1.0352	0.0437	0.1706	-0.2548	0.0078	-0.0224	-0.1034	0.0686	0.1068	-0.0091	0.0705	0.0501	0.0171	0.1767	-0.0216	0.1258	28.5906	49.1918	36.8998
11	0.7479	0.5593	0.2574	1.8134	0.6758	0.2153	-0.0383	-0.3702	0.1466	-0.2385	0.8294	-0.8642	-0.0925	0.7181	-0.4528	0.2412	-0.0017	0.0498	0.2692	-0.1768	0.2428	34.0251	20.5578	-2.1278
12	0.59	0.0758	-0.0754	1.4015	1.6206	0.6583	-0.0965	-0.1246	-0.1854	-0.3781	0.0359	0.3816	-0.125	0.0517	0.0368	0.3508	0.027	-0.0217	0.2128	-0.0829	0.2723	27.6985	14.478	-6.17
13	0.3527	-1.046	0.5098	0.3708	0.098	0.5187	-0.0898	0.0172	-0.036	0.3056	0.0229	-0.5475	0.257	0.1277	0.0835	0.3653	-0.0014	0.0946	0.1832	-0.0483	0.3814	35.1515	-37.4548	-28.811
14	1.5438	-0.7811	-0.6558	1.4986	0.6646	0.3996	-0.0897	0.216	0.0276	-0.3203	-0.1705	0.8411	-0.1309	-0.1921	0.1964	0.3484	-0.0055	-0.0579	0.148	-0.0579	0.2711	27.1617	-24.0621	-30.2461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1695:1750)	A	1695 - 1750
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 1751:1806)	A	1751 - 1806
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 1807:1836)	A	1807 - 1836
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 1837:1897)	A	1837 - 1897
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 1898:1932)	A	1898 - 1932
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 1933:1992)	A	1933 - 1992
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 1993:2015)	A	1993 - 2015
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 1694:1706)	B	1694 - 1706
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 1707:1737)	B	1707 - 1737
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 1738:1794)	B	1738 - 1794
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1795:1839)	B	1795 - 1839
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 1840:1915)	B	1840 - 1915
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 1916:1958)	B	1916 - 1958
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 1959:2014)	B	1959 - 2014

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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