PDB-3edt: Crystal structure of the mutated S328N hKLC2 TPR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3edt

タイトル

Crystal structure of the mutated S328N hKLC2 TPR domain

要素

Kinesin light chain 2

キーワード

MOTOR PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / superhelical / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Microtubule / Phosphoprotein / TPR repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

kinesin I complex / lysosome localization / Kinesins / RHO GTPases activate KTN1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule-based movement / kinesin binding / MHC class II antigen presentation / microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zhu, H. / Shen, Y. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of mutated S328N TPR domain of human kinesin light chain 2
著者: Zhu, H. / Shen, Y. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2008年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ceq
類似構造データ	5gub-d 4j7b-d 5gx7-d 1dik-1 4bss-1 1ggo-2 5zkx-3 1650 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#175 - 2014年7月
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
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主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Kinesin light chain 2

D: Kinesin light chain 2

F: Kinesin light chain 2

H: Kinesin light chain 2

128 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Kinesin light chain 2

D: Kinesin light chain 2

F: Kinesin light chain 2

H: Kinesin light chain 2

ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Kinesin light chain 2

D: Kinesin light chain 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Kinesin light chain 2

H: Kinesin light chain 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.202, 101.202, 115.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Kinesin light chain 2 / KLC 2 分子量: 32020.271 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 217-480 / 変異: S328N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLC2 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Coden(+) / 参照: UniProt: Q9H0B6
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 2.0 M ammonium Sulfate, 20% Ethylene Glycol, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1,2,3,4	1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0809 Å

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2			x-ray	1
3			x-ray	1
4			x-ray	1

放射波長

波長: 1.0809 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 32746

反射シェル

最高解像度: 2.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 37.171 / SU ML: 0.35 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.162 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26691	1733	5 %	RANDOM
R_work	0.22973	-	-	-
obs	0.23157	32746	94.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 1.998 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	0.61 Å²	0 Å²
2-	-	1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8077	0	1	17	8095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.943	1.977	11050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.492	5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.502	24.271	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.543	15	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.095	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.289	0.2	5507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.366	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	8113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	3	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.5	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	89	-
R_work	0.292	1677	-
obs	-	-	67.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4053	-0.6867	-0.1335	9.5962	1.2563	4.308	0.2704	0.6302	0.1766	-0.4614	-0.268	0.0484	0.0535	0.047	-0.0024	0.0914	0.0861	-0.0445	-0.0071	0.0019	0.5762	15.894	22.208	-22.042
2	2.1693	-1.6678	0.9005	7.2132	-3.3888	2.0683	0.0019	-0.0384	0.294	-0.019	-0.1615	-0.3981	-0.1953	0.0792	0.1595	-0.0168	0.0593	0.0015	0.0378	-0.0774	0.7419	31.15	-0.746	-14.014
3	7.2089	-7.3271	2.854	12.4809	-6.8995	12.9106	-0.043	-2.4464	-0.3503	3.3992	-0.5981	1.9326	-0.0889	-0.7157	0.6411	0.4794	0.1767	0.293	0.8825	-0.0406	1.1392	27.479	-24.82	9.5
4	20.4619	1.2538	-0.6802	16.1586	2.8576	3.1837	-0.1881	-0.3144	-0.6418	0.4057	-0.0723	0.6475	0.3573	-0.038	0.2604	-0.1691	0.0566	0.0487	0.1683	0.0899	0.7366	21.226	-23.817	0.504
5	4.5848	2.8552	-0.2734	2.4959	-2.3545	6.6637	0.6584	-0.3658	0.727	-0.4049	-0.2687	-0.2007	-0.1305	0.1138	-0.3897	0.0729	-0.0458	-0.013	-0.0392	-0.0571	0.8313	12.397	30.733	-13.833
6	1.5769	1.9568	-0.9222	8.093	-2.2093	0.7395	-0.1199	0.0571	-0.2883	0.1013	0.0654	0.4717	0.0479	-0.0443	0.0544	0.0555	-0.0103	-0.0189	0.0327	0.0151	0.8013	-0.883	5.904	-3.632
7	10.9494	0.0624	1.3231	9.655	-3.3991	15.0712	-0.1144	0.8632	-1.42	-1.2682	-0.5294	0.4974	1.7061	0.576	0.6439	0.2942	0.0951	0.2875	0.3538	-0.2647	1.4195	1.425	-29.73	-4.333
8	19.6153	0.654	-6.7806	8.5442	-5.3354	13.8652	-0.2708	-0.0948	-0.8203	0.3113	-0.0392	0.4502	0.5134	0.3431	0.31	-0.1443	-0.0146	0.0146	0.0014	-0.0181	0.901	7.785	-23.253	1.962
9	9.3902	2.2206	1.5756	6.3741	-0.7306	6.8971	0.2964	-0.9304	-0.4176	1.13	-0.144	0.1535	-0.2212	0.3141	-0.1524	0.1497	-0.0766	0.0285	-0.0136	0.0659	0.6655	-33.506	-54.106	18.417
10	1.8435	2.1637	-0.4527	5.6021	-2.287	1.2953	-0.0058	0.0115	-0.2973	0.1068	-0.1993	-0.4099	0.1691	0.078	0.2051	0.0177	-0.0194	0.0298	0.0435	-0.0637	0.7608	-20.666	-29.578	10.59
11	8.2856	-0.6613	-1.0946	15.9626	-0.5484	7.3167	-0.4148	1.6768	0.3711	-2.4277	0.2379	1.169	0.2136	0.3295	0.1768	0.5545	-0.0667	-0.1458	0.6931	0.1289	0.9496	-22.86	-5.349	-13.92
12	14.5502	-1.3559	0.6772	14.4201	2.7469	6.6569	-0.2002	0.2375	0.7049	-0.4091	-0.22	0.6925	-0.1192	-0.0803	0.4202	-0.0982	-0.0396	-0.0505	0.1292	0.0443	0.7639	-29.412	-5.405	-4.774
13	12.7192	-0.4805	-0.6437	2.5298	-1.9248	3.8507	0.5528	-0.2665	-0.4236	-0.1912	-0.299	-0.1957	0.3745	0.1897	-0.2539	0.0866	0.0205	-0.0144	-0.008	-0.0637	0.7221	-39.285	-59.737	9.756
14	1.7778	-2.4871	0.795	8.9249	-2.1894	0.5686	-0.164	-0.0552	0.2741	0.0373	0.1151	0.3987	-0.0423	-0.0293	0.0489	0.0653	0.0134	0.0086	0.0438	0.0232	0.7801	-51.576	-34.331	-0.711
15	16.2015	-6.5195	0.7995	14.2464	-2.6461	15.6263	0.006	-1.4088	1.2451	0.6077	-1.1295	0.2481	-1.2416	2.0774	1.1235	0.3506	-0.1717	-0.2455	0.0966	-0.3222	1.4125	-48.41	0.985	-0.841
16	17.6366	2.6922	7.7762	8.0714	-7.2907	12.8107	-0.4351	-0.0663	1.0923	-0.2762	0.0705	0.3409	-0.4398	0.5348	0.3647	-0.1587	0.0379	-0.0298	-0.0021	-0.0145	0.9473	-42.831	-5.969	-6.263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	A	210 - 255	13 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	A	256 - 397	59 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	A	398 - 447	201 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	A	448 - 479	251 - 282
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	B	211 - 236	14 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	B	237 - 397	40 - 200
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	B	398 - 447	201 - 250
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	B	448 - 479	251 - 282
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	C	210 - 247	13 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	C	248 - 394	51 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	C	395 - 447	198 - 250
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	C	448 - 479	251 - 282
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	D	211 - 239	14 - 42
14	X-RAY DIFFRACTION	14	H	D	240 - 399	43 - 202
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	D	400 - 447	203 - 250
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	D	448 - 479	251 - 282

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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