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- PDB-3ed3: Crystal Structure of the Yeast Dithiol/Disulfide Oxidoreductase Mpd1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ed3
タイトルCrystal Structure of the Yeast Dithiol/Disulfide Oxidoreductase Mpd1p
要素Protein disulfide-isomerase MPD1
キーワードISOMERASE / thioredoxin-like domain / CXXC / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase (glutathione) activity / protein disulfide-isomerase / fungal-type vacuole / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein disulfide-isomerase MPD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vitu, E. / Greenblatt, H.M. / Fass, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Yeast Mpd1p reveals the structural diversity of the protein disulfide isomerase family
著者: Vitu, E. / Gross, E. / Greenblatt, H.M. / Sevier, C.S. / Kaiser, C.A. / Fass, D.
履歴
登録2008年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase MPD1
B: Protein disulfide-isomerase MPD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,23815
ポリマ－68,4592
非ポリマー78013
水5,242291
1
A: Protein disulfide-isomerase MPD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7089
ポリマ－34,2291
非ポリマー4788
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein disulfide-isomerase MPD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5316
ポリマ－34,2291
非ポリマー3015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.157, 92.268, 79.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide-isomerase MPD1


分子量: 34229.285 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MPD1 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: Q12404, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 17% PEG4K, 0.2M sodium acetate, 100mM cacodylic acid (pH5.9), 6-10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RUH3R11.5418
シンクロトロンESRF BM1420.97850, 0.88550
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU1IMAGE PLATE2006年7月15日Osmic mirrors
MAR2CCD2006年11月10日Osmic mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97851
30.88551
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 46859 / Num. obs: 45863 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4648 / Rsym value: 0.676 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 3243 -random
Rwork0.219 ---
all-46859 --
obs-45840 97.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4313 0 52 291 4656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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