PDB-3ecy: Crystal structural analysis of Drosophila melanogaster dUTPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ecy

タイトル

Crystal structural analysis of Drosophila melanogaster dUTPase

要素

CG4584-PA, isoform A (BcDNA.LD08534)

キーワード

HYDROLASE / jelly-roll / dimeric assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP metabolic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Takacs, E. / Barabas, O. / Vertessy, B.G.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2009
タイトル: Molecular shape and prominent role of beta-strand swapping in organization of dUTPase oligomers.
著者: Takacs, E. / Barabas, O. / Petoukhov, M.V. / Svergun, D.I. / Vertessy, B.G.

履歴

登録	2008年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ecy.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ecy.ent.gz	44.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ecy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ecy_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ecy_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	3ecy_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	3ecy_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ecy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ecy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q5uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g2b-d 6d49-d 5q7h-d 3sik-d 5q7r-d 5q9b-d 1jzw-3 6jds-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CG4584-PA, isoform A (BcDNA.LD08534)

B: CG4584-PA, isoform A (BcDNA.LD08534)

34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.799, 42.799, 169.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	CG4584-PA, isoform A (BcDNA.LD08534) 分子量: 17353.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: dUTPase, BcDNA.LD08534, CG4584, Dmel_CG4584 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9V3I1, dUTP diphosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CG4584-PA, isoform A (BcDNA.LD08534)

分子量: 17353.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dUTPase, BcDNA.LD08534, CG4584, Dmel_CG4584 / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9V3I1, dUTP diphosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 50 mM sodium succinate buffer, 200 mM sodium chloride, 30-35% methyl-pentane diol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8457 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si [111], horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8457 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→20 Å / Num. all: 28229 / Num. obs: 28229 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.45 % / B_iso Wilson estimate: 41.2 Å² / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 14.95
反射シェル	解像度: 1.78→1.89 Å / 冗長度: 6.84 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4348 / R_sym value: 0.74 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q5U

1q5u

解像度: 1.88→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 8.337 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22221	1225	5 %	RANDOM
R_work	0.20048	-	-	-
obs	0.20152	23345	99.77 %	-
all	-	23345	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.067 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1770	0	0	111	1881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	1.961	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.84	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.792	24.211	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.143	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.038	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.283	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.17	2.5	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.096	3.5	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.471	4	678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.069	25	573
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	96	-
R_work	0.272	1688	-
obs	-	29721	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0648	0.1954	-0.297	1.3114	-0.7514	1.3905	-0.0077	0.0491	-0.0076	0.1326	-0.0428	0.0012	-0.1497	0.1442	0.0506	-0.1136	0.0382	-0.0568	-0.0526	-0.0029	-0.0549	16.9961	6.9993	10.8163
2	0.1014	-0.1146	-0.3063	1.2441	0.6831	1.0569	-0.0051	-0.0606	-0.026	-0.1445	-0.0318	-0.0471	-0.125	-0.0897	0.0369	-0.1238	-0.0285	-0.0553	-0.0756	0.0057	-0.081	25.7874	6.9752	-10.8117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	19 - 144	19 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	19 - 144	19 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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