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- PDB-3ecs: Crystal structure of human eIF2B alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ecs
タイトルCrystal structure of human eIF2B alpha
要素Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
キーワードTRANSLATION / eukaryotic translation initiation factor 2Balpha (eIF2Balpha) / guanine nucleotide exchange factor (GEF) / initiation / stress response / Disease mutation / Initiation factor / Protein biosynthesis / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / response to glucose / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / response to peptide hormone / T cell receptor signaling pathway ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / response to glucose / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / response to peptide hormone / T cell receptor signaling pathway / response to heat / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle ...Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Hiyama, T.B. / Ito, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the alpha subunit of human translation initiation factor 2B
著者: Hiyama, T.B. / Ito, T. / Imataka, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,02519
ポリマ－282,0298
非ポリマー99611
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22590 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area91180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.885, 156.394, 138.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eukaryotic translation initiation factor 2B alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 35253.633 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q14232
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium Citrate buffer(pH 4.5), 0.1M Ammonium Sulfate, 13% polyethylene glycol(PEG) 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 84757 / Num. obs: 84588 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rsym value: 0.181 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4166 / Rsym value: 0.806 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
autoSHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 4200 -RANDOM
Rwork0.214 ---
all-84757 --
obs-84095 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.11 Å25.78 Å210.89 Å2
2--0 Å2-9.79 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17722 0 51 185 17958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.96
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 682 -
Rwork0.287 --
obs-13120 98.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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