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- PDB-3ecp: Crystal Structure Of Tn5 Transposase Complexed With 5' Phosphoryl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ecp
タイトルCrystal Structure Of Tn5 Transposase Complexed With 5' Phosphorylated Transposon End DNA
要素
  • DNA non-transferred strand
  • DNA transferred strand
  • Tn5 transposase
キーワードDNA RECOMBINATION/DNA / TRANSPOSASE / RIBONUCLEASE H-LIKE MOTIF / PROTEIN-DNA COMPLEX / SYNAPTIC COMPLEX / DNA RECOMBINATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transposase Tn5, dimerisation / : / Transposase Tn5 dimerisation domain / Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal ...Transposase Tn5, dimerisation / : / Transposase Tn5 dimerisation domain / Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : / Transposase DDE domain / Transposase DNA-binding / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposase for transposon Tn5 / Transposase for transposon Tn5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Klenchin, V.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Phosphate coordination and movement of DNA in the Tn5 synaptic complex: role of the (R)YREK motif
著者: Klenchin, V.A. / Czyz, A. / Goryshin, I.Y. / Gradman, R. / Lovell, S. / Rayment, I. / Reznikoff, W.S.
履歴
登録2008年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tn5 transposase
B: DNA transferred strand
C: DNA non-transferred strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9096
ポリマ－65,6333
非ポリマー2763
水2,162120
1
A: Tn5 transposase
B: DNA transferred strand
C: DNA non-transferred strand
ヘテロ分子

A: Tn5 transposase
B: DNA transferred strand
C: DNA non-transferred strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,81912
ポリマ－131,2666
非ポリマー5536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area19660 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area46960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.508, 113.508, 228.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-623-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tn5 transposase


分子量: 53367.047 Da / 分子数: 1 / 断片: Tn5 transposase / 変異: E54K, M56A, L372P, G477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: orf163 / プラスミド: pTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q08JA5, UniProt: Q46731*PLUS
#2: DNA鎖 DNA transferred strand


分子量: 6213.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRANSPOSASE RECOGNITION SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE TN5 TRANSPOSON
#3: DNA鎖 DNA non-transferred strand


分子量: 6052.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRANSPOSASE RECOGNITION SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE TN5 TRANSPOSON
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 13% (w/v) oMe-PEG 5000, 0.1M bis-tris, 0.1M ammonium sulfate, pH 6.5, microbatch, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1oMe-PEG 500011
2bis-tris11
3(NH4)2SO411
4oMe-PEG 500012
5bis-tris12
6(NH4)2SO412

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00964 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 31006 / Num. obs: 30992 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 69.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 3032 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MUH

1muh


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 24.704 / SU ML: 0.261 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27386 1556 5 %RANDOM
Rwork0.21878 ---
all0.22153 29364 --
obs0.22153 29291 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å2-0.94 Å20 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3605 818 18 120 4561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0214619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5292.1896404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27523.11164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.21615675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3041535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23029
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.49852346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.64963639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50472844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2567.52763
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 112 -
Rwork0.342 2105 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0271.03970.25862.24631.12931.77630.06090.468-0.2545-0.19380.3168-0.23590.10.3572-0.3777-0.25320.1315-0.07280.1321-0.3738-0.138936.75138.591-2.716
21.39290.34490.96451.70671.49955.07330.00620.1716-0.38130.1019-0.21570.25430.588-0.67570.2096-0.02340.0223-0.17580.0046-0.25170.123213.9519.9771.459
36.06880.9847-0.43012.3718-0.24021.4717-0.06320.0127-0.8373-0.11470.3936-0.80720.70280.633-0.33040.05780.3733-0.2980.1695-0.49310.356453.49621.48915.892
42.3128-0.49820.51190.8102-0.02654.69990.23330.102-0.39610.06490.31320.03730.38230.26-0.5465-0.05320.153-0.2722-0.1804-0.1778-0.069928.52327.5420.977
51.410.39840.35643.5914-2.28877.01770.0726-0.526-0.53851.39950.5951-0.07730.53350.1341-0.66770.86050.3749-0.53850.1316-0.03060.244237.57615.86548.468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 214
2X-RAY DIFFRACTION1A321 - 370
3X-RAY DIFFRACTION2A215 - 320
4X-RAY DIFFRACTION3A372 - 477
5X-RAY DIFFRACTION4C1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION4B11 - 20
7X-RAY DIFFRACTION5B1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION5C11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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