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- PDB-3ecb: Crystal structure of mouse H-2Dd in complex with peptide P18-I10 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ecb
タイトルCrystal structure of mouse H-2Dd in complex with peptide P18-I10 derived from human immunodeficiency virus envelope glycoprotein 120
要素
  • Beta-2 microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Peptide P18-I10 from HIV gp160
キーワードIMMUNE SYSTEM / class I major histompatibility complex / MHC-I / H-2Dd / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted / AIDS / Apoptosis / Cell membrane / Cleavage on pair of basic residues / Coiled coil / Envelope protein / Fusion protein / Host-virus interaction / Lipoprotein / Palmitate / Viral immunoevasion / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / Neutrophil degranulation / host cell endosome membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / viral protein processing / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Envelope glycoprotein gp160 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Natarajan, K. / Wang, R. / Margulies, D.H.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the CD8alphabeta/MHC class i interaction: focused recognition orients CD8beta to a T cell proximal position
著者: Wang, R. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
履歴
登録2008年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 40 MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W. ... MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W.DAVIS,V.B.CHEN, : R.M.IMMORMINO,J.J.HEADD,W.B.ARENDALL,J.M.WORD

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2 microglobulin
P: Peptide P18-I10 from HIV gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,52910
ポリマ－45,1333
非ポリマー3977
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.727, 89.452, 109.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32265.902 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26 to 298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET21-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2 microglobulin


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21 to 119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m, RP23-34E24.5-001 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q91XJ8, UniProt: P01887*PLUS

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Peptide P18-I10 from HIV gp160 / Env polyprotein / Surface protein / SU / Glycoprotein 120 / gp120 / Transmembrane protein / TM / ...Env polyprotein / Surface protein / SU / Glycoprotein 120 / gp120 / Transmembrane protein / TM / Glycoprotein 41 / gp41


分子量: 1075.265 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 309 to 318 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is chemically synthesized. It is found naturally in Human immunodeficiency virus envelope glycoprotein gp120.
参照: UniProt: P19551

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非ポリマー , 3種, 322分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG 3350, 0.2M Magnesium formate, , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器日付: 2008年7月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 51683 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DDH

1ddh


解像度: 1.698→28.798 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 2488 5.08 %
Rwork0.1816 --
obs0.1839 48991 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.003 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å20 Å20 Å2
2--2.49 Å20 Å2
3----9.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→28.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3136 0 25 315 3476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0174384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7631178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.698-1.73070.2396810.17781770X-RAY DIFFRACTION64
1.7307-1.7660.27061080.17241967X-RAY DIFFRACTION75
1.766-1.80440.28391230.17612224X-RAY DIFFRACTION82
1.8044-1.84640.24611280.17032476X-RAY DIFFRACTION93
1.8464-1.89250.27511310.16122636X-RAY DIFFRACTION97
1.8925-1.94370.21981410.15642671X-RAY DIFFRACTION99
1.9437-2.00090.21771600.15612635X-RAY DIFFRACTION99
2.0009-2.06540.21291510.15522674X-RAY DIFFRACTION99
2.0654-2.13920.24361560.15842679X-RAY DIFFRACTION100
2.1392-2.22480.2521470.15932705X-RAY DIFFRACTION99
2.2248-2.32610.22291400.16462686X-RAY DIFFRACTION100
2.3261-2.44860.22581380.17362721X-RAY DIFFRACTION100
2.4486-2.60190.2431370.17892729X-RAY DIFFRACTION100
2.6019-2.80270.25381640.19562706X-RAY DIFFRACTION100
2.8027-3.08440.23081540.19392732X-RAY DIFFRACTION100
3.0844-3.53010.24241340.18892762X-RAY DIFFRACTION100
3.5301-4.44490.19171500.16792787X-RAY DIFFRACTION100
4.4449-28.80210.19781450.18642943X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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