PDB-3ec5: The crystal structure of Thioflavin-T (ThT) binding OspA mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ec5

タイトル

The crystal structure of Thioflavin-T (ThT) binding OspA mutant

要素

Outer Surface Protein A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / single-layer beta-sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Borrelia burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Biancalana, M. / Makabe, K. / Koide, A. / Koide, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Molecular mechanism of thioflavin-T binding to the surface of beta-rich peptide self-assemblies
著者: Biancalana, M. / Makabe, K. / Koide, A. / Koide, S.

履歴

登録	2008年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ec5.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ec5.ent.gz	58.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ec5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ec5_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ec5_full_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示
XML形式データ	3ec5_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	3ec5_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oy7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oy7-d 1yke-2 5ys7-d 1ykh-d 1yke-1 4p0d-d 1nlt-d 5vt8-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer Surface Protein A

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.073, 35.876, 92.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Outer Surface Protein A 分子量: 34538.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VWU8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 40% PEG-400, 2% glycerol, 0.85M Tris-Cl, 0.25M (NH4)2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 34301 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.087
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OY7

2oy7

解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 8.657 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27388	3435	10 %	RANDOM
R_work	0.22311	-	-	-
obs	0.22808	30820	99.77 %	-
all	-	30820	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.24 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2394	0	26	249	2669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.997	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.277	3	4186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.97	5	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.954	26.782	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.404	15	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.233	1.5	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.096	2	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.438	3	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.379	4.5	757

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	255	-
R_work	0.299	2191	-
obs	-	-	97.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4353	0.0944	-0.2023	2.3004	-0.5131	1.7207	-0.0762	-0.1471	0.0148	-0.3135	-0.0368	-0.0385	0.1686	0.0717	0.113	-0.163	-0.0024	-0.0383	0.0404	-0.0001	0.024	9.6703	6.3938	33.5718
2	0.4167	-0.004	-0.1868	1.4328	0.9552	2.8505	-0.012	0.0552	0.0435	0.0568	-0.0756	-0.2108	0.0259	-0.0603	0.0876	-0.0009	0.0039	0.0092	-0.1477	0.0067	-0.1081	6.6909	10.2276	1.3758
3	0.2478	0.1743	0.0549	1.5208	-0.1903	1.9094	-0.0812	0.0405	-0.0555	0.0321	0.0953	0.185	0.2015	-0.0165	-0.0141	-0.1145	-0.0146	0.0371	0.0563	0.0217	0.033	16.1551	-5.3394	-31.8819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 118	6 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	119 - 209	97 - 187
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	210 - 342	188 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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