PDB-3ec1: Structure of YqeH GTPase from Geobacillus stearothermophilus (an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ec1

タイトル

Structure of YqeH GTPase from Geobacillus stearothermophilus (an AtNOS1 / AtNOA1 ortholog)

要素

GTP-binding protein YqeH required for biosis of 30S ribosome subunit

キーワード

HYDROLASE / SIGNALING PROTEIN / YqeH / AtNOS1 / AtNOA1 / GTPase / TRAP / pVHL

機能・相同性

機能・相同性情報

GTP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Sudhamsu, J. / Crane, B.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The structure of YqeH. An AtNOS1/AtNOA1 ortholog that couples GTP hydrolysis to molecular recognition.
著者: Sudhamsu, J. / Lee, G.I. / Klessig, D.F. / Crane, B.R.

履歴

登録	2008年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.plasmid_name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ec1.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ec1.ent.gz	111.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ec1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zem-2 1ib4-1 4pcb-2 1ib4-2 4knv-1 1ia5-d 6fdf-4 2fa1-d 6hom-2 4cvn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GTP-binding protein YqeH required for biosis of 30S ribosome subunit

B: GTP-binding protein YqeH required for biosis of 30S ribosome subunit

ヘテロ分子

83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTP-binding protein YqeH required for biosis of 30S ribosome subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GTP-binding protein YqeH required for biosis of 30S ribosome subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.615, 81.097, 108.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GTP-binding protein YqeH required for biosis of 30S ribosome subunit / Ribosome biogenesis GTPase YqeH / YqeH GTPase 分子量: 41122.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: yqeH, B4114_2212, D9548_03520, TGS27_0162 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D0VWU7
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: Protein (10mg/ml) was mixed with equal volume of well solution, that contained 100 mM Sodium Citrate pH 5.0 - 5.6, 0-5% PEG 5K MME, with 500 microliters of well solution, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→30 Å / Num. obs: 34381 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 48.6 Å² / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 21.79
反射シェル	最高解像度: 2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.13 / R_sym value: 0.539

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.36→30 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	-	-
R_work	0.254	-	-
obs	-	34381	99.4 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4854	0	56	335	5245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.00773
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.92

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)