[日本語] English
万見
- PDB-3eaa: Structure of a type six secretion system protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eaa
タイトルStructure of a type six secretion system protein
要素EvpC
キーワードUNKNOWN FUNCTION / EvpC / T6SS
機能・相同性Hcp1-like / : / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / EvpC
機能・相同性情報
生物種Edwardsiella tarda (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the secretion of EvpC: a key type VI secretion system protein from Edwardsiella tarda
著者: Jobichen, C. / Chakraborty, S. / Li, M. / Zheng, J. / Joseph, L. / Mok, Y.K. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J.
履歴
登録2008年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EvpC
B: EvpC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2472
ポリマ－36,2472
非ポリマー00
水68538
1
A: EvpC
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7426
ポリマ－108,7426
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area17300 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area38750 Å2
手法PISA
2
B: EvpC
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7426
ポリマ－108,7426
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area17300 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area38900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.459, 85.459, 93.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 2:163 )
21chain B and (resseq 2:163 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 2 - 163 / Label seq-ID: 2 - 163

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 EvpC


分子量: 18123.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Edwardsiella tarda (バクテリア) / プラスミド: pETM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6EE19
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M BIS-TRIS(pH 6.5), 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月30日
放射モノクロメーター: CN1707 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.794→50 Å / Num. all: 9595 / Num. obs: 9073 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.95 Å2 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 7.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化開始モデル: PDB code 1Y12

1y12


解像度: 2.794→28.963 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 434 4.78 %Random
Rwork0.238 8639 --
obs0.241 9073 93.91 %-
all-9595 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.433 Å2 / ksol: 0.226 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 27.644 Å2 / Biso min: 6.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.371 Å20 Å20 Å2
2---4.371 Å2-0 Å2
3---8.741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.794→28.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 0 38 2380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0323252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.624800
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1174X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1174X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.794-3.1980.3261270.2522781290891
3.198-4.0270.2881570.2472775293291
4.027-28.9650.2481500.213083323399

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る