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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eaa | ||||||
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タイトル | Structure of a type six secretion system protein | ||||||
要素 | EvpC | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / EvpC / T6SS | ||||||
機能・相同性 | Hcp1-like / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / EvpC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Edwardsiella tarda (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.794 Å | ||||||
データ登録者 | Jobichen, C. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2010 タイトル: Structural basis for the secretion of EvpC: a key type VI secretion system protein from Edwardsiella tarda 著者: Jobichen, C. / Chakraborty, S. / Li, M. / Zheng, J. / Joseph, L. / Mok, Y.K. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eaa.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eaa.ent.gz | 54.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3eaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3eaa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1y12S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||||||||
2 |
| x 6||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 2 - 163 / Label seq-ID: 2 - 163
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18123.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Edwardsiella tarda (バクテリア) / プラスミド: pETM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6EE19 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M BIS-TRIS(pH 6.5), 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: CN1707 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.794→50 Å / Num. all: 9595 / Num. obs: 9073 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.95 Å2 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 7.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB code 1Y12 解像度: 2.794→28.963 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.433 Å2 / ksol: 0.226 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 27.644 Å2 / Biso min: 6.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.794→28.963 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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