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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e9t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Apo-form Calx CBD1 domain | ||||||
![]() | Na/Ca exchange protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / CBD1 / Calx / Membrane / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() rhabdomere membrane / neuromuscular process controlling posture / calcium:sodium antiporter activity / phototransduction / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / sarcolemma / postsynapse / calmodulin binding ...rhabdomere membrane / neuromuscular process controlling posture / calcium:sodium antiporter activity / phototransduction / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / sarcolemma / postsynapse / calmodulin binding / axon / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, M. / Zheng, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of progressive Ca2+ binding states of the Ca2+ sensor Ca2+ binding domain 1 (CBD1) from the CALX Na+/Ca2+ exchanger reveal incremental conformational transitions. 著者: Wu, M. / Le, H.D. / Wang, M. / Yurkov, V. / Omelchenko, A. / Hnatowich, M. / Nix, J. / Hryshko, L.V. / Zheng, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13054.530 Da / 分子数: 4 / 断片: Calx CBD1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Calx, NCX, CG5685 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM NH4Ac, 10 mM MgCl2, 15% Polyethylene glycol 10,000, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→47.6 Å / Num. obs: 73482 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 23700 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.117 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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