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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e9a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 | ||||||
要素 | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / Lipopolysaccharide biosynthesis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar El tor (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e9a.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e9a.ent.gz | 54 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e9a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3e9a_validation.pdf.gz | 434.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3e9a_full_validation.pdf.gz | 435.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3e9a_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3e9a_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1o60S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | authors state that the biological assembly is unknown |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31084.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: kdsA, VC_2175 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9KQ29, UniProt: A5F692*PLUS, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 6.5 詳細: 0.05 Ammonium sulfate 0.05 bis-tris 30% pentaerythritol ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 24922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.78 / Net I/σ(I): 40 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1O60 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.523 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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