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- PDB-3e8t: Crystal Structure of Epiphyas postvittana Takeout 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e8t
タイトルCrystal Structure of Epiphyas postvittana Takeout 1
要素Takeout-like protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Takeout / Epiphyas postvittana
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular space
類似検索 - 分子機能
TULIP domain / Haemolymph juvenile hormone binding / Takeout superfamily / Haemolymph juvenile hormone binding protein (JHBP) / Juvenile hormone binding protein domains in insects. / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinone-8 / Takeout-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Epiphyas postvittana (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Hamiaux, C. / Stanley, D. / Greenwood, D.R. / Baker, E.N. / Newcomb, R.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Epiphyas postvittana takeout 1 with bound ubiquinone supports a role as ligand carriers for takeout proteins in insects
著者: Hamiaux, C. / Stanley, D. / Greenwood, D.R. / Baker, E.N. / Newcomb, R.D.
履歴
登録2008年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Takeout-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2392
ポリマ－24,5121
非ポリマー7271
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.454, 45.178, 53.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Takeout-like protein 1 / Takeout 1


分子量: 24512.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Epiphyas postvittana (蝶・蛾) / 遺伝子: takeout-like 1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami2 / 参照: UniProt: B5ABT1
#2: 化合物 ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 % / Mosaicity: 0.674 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 50mM MES pH 6.2-6.7, 20-25% PEG 3000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-00711.5418
シンクロトロンSSRL BL9-220.97951
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2007年8月7日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年12月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1Si 111
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.979511
Reflection冗長度: 35.9 % / Av σ(I) over netI: 8.9 / 数: 962803 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / D res high: 1.61 Å / D res low: 24.19 Å / Num. obs: 26782 / % possible obs: 97.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.0624.2194.610.0430.04334.3
3.585.0699.610.0410.04136.4
2.923.5810010.0450.04537.3
2.532.9210010.050.0537.4
2.262.5310010.0520.05237
2.062.2610010.0610.06136.6
1.912.0610010.0750.07536.2
1.791.9110010.1060.10635.8
1.691.7999.910.1550.15535.3
1.61.698710.2310.23133.6
反射解像度: 1.3→33.787 Å / Num. obs: 48865 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 26815 / Num. unique all: 5755 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 78.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1001.6124.19254091360
ANO_10.90901.6124.19253390
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_16.92-24.190026356
ISO_14.99-6.920050269
ISO_14.11-4.990066369
ISO_13.57-4.110079470
ISO_13.2-3.570088669
ISO_12.92-3.200100768
ISO_12.71-2.9200109569
ISO_12.54-2.7100115267
ISO_12.39-2.5400124472
ISO_12.27-2.3900131571
ISO_12.17-2.2700139567
ISO_12.08-2.1700143570
ISO_11.99-2.0800151771
ISO_11.92-1.9900158371
ISO_11.86-1.9200163473
ISO_11.8-1.8600166466
ISO_11.75-1.800175671
ISO_11.7-1.7500180666
ISO_11.65-1.700184765
ISO_11.61-1.6500185160
ANO_16.92-24.190.68702470
ANO_14.99-6.920.6305020
ANO_14.11-4.990.80506570
ANO_13.57-4.110.77507930
ANO_13.2-3.570.74808850
ANO_12.92-3.20.746010070
ANO_12.71-2.920.757010950
ANO_12.54-2.710.778011520
ANO_12.39-2.540.816012440
ANO_12.27-2.390.863013150
ANO_12.17-2.270.874013950
ANO_12.08-2.170.891014350
ANO_11.99-2.080.912015170
ANO_11.92-1.990.933015830
ANO_11.86-1.920.949016340
ANO_11.8-1.860.971016640
ANO_11.75-1.80.974017560
ANO_11.7-1.750.982018060
ANO_11.65-1.70.988018470
ANO_11.61-1.650.988018050
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-12.215-16.144-23.809S20.061.43
2-12.188-9.761-33.723S20.221.27
3-0.32-13.35-15.694S19.361.02
43.071-15.222-14.682S26.241.2
5-2.3-13.526-16.006S18.461.02
6-31.993-6.218-3.041S15.230.79
7-32.793-16.511-20.515S37.361.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.33データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→31.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.922 / SU B: 1.374 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 2472 5.1 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.144 48848 96.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.77 Å2 / Biso mean: 20.639 Å2 / Biso min: 8.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→31.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 53 308 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9882563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9153.0063124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2875246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.66526.58582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75515358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.172151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.76821454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2232459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22631826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2983888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2384.5722
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.65233840
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.4353308
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.43633117
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 125 -
Rwork0.21 2537 -
all-2662 -
obs--71.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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